Jumlah laktosa dalam keju cottage dapat sangat bervariasi tergantung pada proses yang digunakan untuk membuatnya. Meskipun selalu ada sedikit laktosa dalam keju ini, ketika dibuat dengan produk susu fermentasi, keju ini tidak mengandung banyak dan biasanya dapat ditoleransi dengan baik oleh orang-orang yang kesulitan mencerna laktosa. Proses fermentasi memungkinkan bakteri dalam keju untuk memecah laktosa dan mengubahnya menjadi asam laktat. Keju cottage yang diasamkan melalui proses lain mungkin memiliki banyak laktosa di dalamnya.
Jika dibuat dengan cara tradisional, keju cottage hanya mengandung sedikit laktosa. Dalam proses tradisional, buttermilk, yang merupakan produk susu fermentasi, digunakan sebagai bahan dasar keju. Untuk membuat buttermilk, starter bakteri ditambahkan ke susu dan kemudian susu dibiarkan pada suhu kamar selama antara 15 dan 24 jam. Selama waktu ini, bakteri dalam susu, seperti acidophilus atau bifidus, memakan laktosa dan mengeluarkan asam laktat sebagai produk sampingan. Meskipun bakteri ini tidak mengkonsumsi semua laktosa dalam buttermilk, mereka dapat memakan sebagian besar dalam jumlah waktu ini.
Setelah susu sempat berfermentasi, bisa digunakan untuk membuat keju cottage. Susu yang mengental dimasak sedikit sampai dadih mengeras dan terpisah dari whey. Pada saat itu, whey dikeringkan dan keju cottage dibiarkan dingin. Jumlah laktosa dalam keju cottage seperti ini biasanya tidak akan cukup mengganggu orang yang tidak toleran laktosa.
Keju cottage dadih besar mungkin memiliki lebih banyak laktosa di dalamnya daripada keju cottage dadih kecil. Ini karena keju dibuat dengan cepat dan sebagian dikentalkan melalui penggunaan rennin. Susu difermentasi kurang dari satu jam, memberikan bakteri waktu yang sangat sedikit untuk mengubah laktosa menjadi asam laktat. Jumlah laktosa dalam keju cottage yang dibuat dengan cara ini biasanya sama dengan jumlah yang ditemukan dalam susu segar.
Dimungkinkan untuk membeli produk susu, termasuk keju cottage, yang telah diolah sehingga benar-benar bebas dari laktosa. Laktase, enzim yang digunakan untuk mencerna laktosa, ditambahkan ke produk ini untuk mencerna laktosa sebelum seseorang memakannya. Dengan mengontrol proses ini dengan hati-hati, produsen produk bebas laktosa dapat memastikan bahwa tidak ada laktosa dalam keju cottage sama sekali.