Selama ekstraksi klorofil, seorang ilmuwan harus melemahkan dinding sel dari daun atau tanaman hijau, dan kemudian menarik klorofil keluar. Klorofil ditempatkan di dalam setiap sel dalam daun hijau, memungkinkan tanaman untuk melakukan fotosintesis. Sebagai cairan, klorofil akan tumpah keluar dari daun ketika diperlakukan dengan panas dan ditempatkan pada bahan kimia tertentu. Proses ini umumnya menghancurkan daun, jadi hanya beberapa daun dari tanaman hidup yang harus digunakan, untuk mengawetkan seluruh spesimen.
Daun yang sangat hijau biasanya merespon lebih baik terhadap ekstraksi klorofil daripada daun hijau pucat. Bayam, kangkung, escarole, dan daun hijau tua dari pohon umumnya bekerja dengan baik. Selada pucat dan telinga domba berbulu halus biasanya tidak berfungsi dengan baik. Daunnya juga harus lembut. Daun cemara yang keras, seperti daun holly atau jarum pinus, biasanya tidak cukup terurai untuk melepaskan klorofilnya. Evergreens telah mengembangkan banyak mekanisme untuk mempertahankan sumber daya mereka dan umumnya tidak mudah menyerah.
Saat melakukan ekstraksi klorofil, daun harus dipanaskan dan layu. Ini dapat dilakukan dengan salah satu dari dua cara. Ilmuwan dapat mengukus daun dengan menempatkannya dalam saringan di atas air mendidih, atau hanya merendamnya di dalam air. Mengukus layu dan memecah daun tanpa mengubahnya menjadi bubur. Beberapa berpendapat bahwa ini memungkinkan pengamat untuk melihat ekstraksi lebih jelas. Mereka yang menggunakan salah satu metode memasak harus mengeluarkan daun dari api saat sangat layu, lunak, dan lentur.
Langkah selanjutnya dalam ekstraksi klorofil melibatkan penangguhan daun dalam beberapa jenis wadah kaca. Stoples makanan bayi yang kosong berfungsi dengan baik, seperti halnya gelas minum kaca bening. Wadah yang digunakan untuk percobaan ini umumnya tidak boleh digunakan untuk makanan setelah ekstraksi selesai.
Ilmuwan kemudian biasanya mengikat batang daun yang layu menjadi satu dan dengan lembut mengikatnya dengan tali kapas. Saat diikat ke bagian tengah pensil, talinya harus memungkinkan daun menjuntai di wadah kaca tanpa menyentuh bagian bawah atau sampingnya. Meskipun langkah ini tidak diperlukan, ini memungkinkan ilmuwan untuk mengeluarkan daun dari wadah untuk menunjukkan perubahan warna yang terjadi setelah klorofil dihilangkan.
Alkohol gosok adalah cairan pilihan khas selama ekstraksi klorofil. Ini menarik klorofil keluar dari daun dan masuk ke dalam cairan. Ilmuwan hanya perlu mengisi wadah sampai penuh dengan alkohol dan membiarkan rakitan beristirahat selama sekitar 20 menit. Cairan harus berubah menjadi hijau. Ketika ilmuwan mengangkat daun dari cairan, mereka seharusnya berwarna coklat karena tidak ada lagi klorofil di dalamnya.