Salah satu vaksin paling awal yang direkomendasikan dokter untuk bayi adalah vaksin untuk rotavirus. Rotavirus adalah penyebab paling umum dari diare parah pada bayi dan anak-anak, dan hampir semua anak akan terinfeksi pada usia lima tahun. Akan tetapi, dehidrasi dan ketidakseimbangan elektrolit yang disebabkan oleh rotavirus dapat menjadi masalah yang paling besar pada anak yang sangat muda, dan direkomendasikan agar vaksin rotavirus diberikan mulai usia enam hingga dua belas minggu. Dua dosis lagi kemudian diberikan pada interval sekitar delapan minggu. Vaksin rotavirus tidak boleh diberikan sebelum usia enam minggu atau setelah usia 32 minggu.
Pusat Pengendalian Penyakit (CDC) menyatakan bahwa rotavirus menyebabkan 20 hingga 60 kematian per tahun di Amerika Serikat, dan 500,000 kematian di seluruh dunia. Perbedaan kematian yang mengejutkan sebagian besar disebabkan oleh kondisi yang tidak bersih, kurangnya perawatan medis rutin yang tersedia dan sedikitnya sumber daya untuk mengobati dehidrasi di negara-negara terbelakang.
Durasi kekebalan yang diberikan oleh vaksin rotavirus tidak diketahui. Hal ini diyakini berlangsung setidaknya selama dua musim rotavirus – di mana virus paling sering tertular selama cuaca dingin – meskipun para ahli mencatat bahwa efektivitas vaksin lebih rendah selama musim kedua daripada selama musim pertama. Setelah ketiga dosis diberikan, efektivitas vaksin rotavirus diperkirakan 74% terhadap infeksi rotavirus, dan 98% terhadap infeksi berat.
Vaksin rotavirus pertama, Rotashield, dilisensikan pada Agustus 1998 tetapi ditarik pada tahun berikutnya karena hubungan antara vaksin dan intususepsi, atau obstruksi usus, pada bayi yang telah menerima vaksin. RotaTeq kemudian dilisensikan pada tahun 2006 dan, meskipun laporan intususepsi tidak melebihi jumlah yang diharapkan CDC, vaksin rotavirus ini juga diberi label dengan peringatan untuk waspada terhadap tanda-tanda obstruksi usus. Tidak ada data keamanan untuk vaksin ini yang tersedia untuk bayi dengan sistem kekebalan yang lemah atau dengan riwayat gangguan pencernaan.
Efek samping yang lebih umum dari vaksin rotavirus termasuk diare dan muntah, mempengaruhi hingga 24% bayi yang divaksinasi. Virus ini juga ditemukan ditumpahkan dalam tinja hingga 8.9% dari bayi dan anak-anak yang divaksinasi, dan dapat terus ditumpahkan hingga lima belas hari. Karena rotavirus masuk ke dalam tubuh melalui mulut dan menyebar melalui kontak fekal-oral, pengasuh harus rajin mencuci tangan saat merawat anak yang telah menerima vaksin rotavirus untuk mencegah penyebaran rotavirus ke orang lain.
Dapat dikatakan bahwa vaksin rotavirus sering menghasilkan efek yang dimaksudkan untuk melindungi bayi. Faktanya, bayi di bawah usia tiga bulan jarang terinfeksi rotavirus, karena antibodi ibu pasif dan, jika ada, antibodi yang diterima melalui ASI. Bayi-bayi ini tetap akan terpapar rotavirus hidup selama masa kekebalan alami ini jika diberikan vaksin sesuai jadwal. Selanjutnya, anak kemungkinan akan mengalami infeksi rotavirus di kemudian hari, setelah efektivitas vaksin berkurang. Setelah infeksi pertama rotavirus, 88% anak menjadi kebal terhadap gejala yang parah, dan kekebalan hanya menguat pada setiap infeksi berikutnya (biasanya tanpa gejala).
Kekhawatiran lain mungkin muncul dari pernyataan dari Divisi Vaksin Merck produsen bahwa “RotaTeq belum dievaluasi untuk potensi karsinogenik atau mutageniknya atau potensinya untuk mengganggu kesuburan.” Merck juga menyatakan bahwa “hubungan antara respons antibodi terhadap RotaTeq terhadap gastroenteritis rotavirus belum ditetapkan.” Dengan kata lain, mereka belum membuktikan hubungan antara vaksin mereka dan kekebalan terhadap virus.
Rotavirus diobati dengan istirahat, cairan dan diet lunak sampai anak berhenti muntah. Dalam kasus yang parah, infus mungkin diperlukan untuk membantu mencegah dehidrasi. Karena virus ini jarang berakibat fatal di negara maju dan dapat dicegah melalui cuci tangan yang benar, orang tua dan pengasuh dapat berhenti sejenak untuk mempertimbangkan risiko versus manfaat vaksin rotavirus sebelum memberikan persetujuan mereka. Seperti halnya vaksin apa pun, risiko reaksi merugikan dapat dikurangi dengan memilih untuk diberikan secara terpisah dari vaksin lain.