Perakitan prototipe papan sirkuit tercetak (PCB) hampir identik dengan perakitan rangkaian penuh PCB, dengan perbedaan terbesar adalah jumlah PCB yang digunakan. Banyak bagian menghasilkan panas di PCB, sehingga penemu harus mendengarkan instruksi pabrik tentang jarak bagian dalam perakitan prototipe PCB. Sebagian besar PCB dibuat untuk memenuhi tugas tertentu, dan mengoptimalkan PCB untuk tugas tersebut dapat memperkuat prototipe. Saat melakukan perakitan prototipe PCB, biasanya yang terbaik adalah meninggalkan ruang di sekitar tepi untuk alasan keamanan. Beberapa bagian dalam PCB harus ditempatkan di area tertentu, dan akan lebih mudah untuk menempatkan bagian-bagian ini terlebih dahulu.
Sementara PCB prototipe adalah salah satu yang tidak ada di pasaran, umumnya ada banyak suku cadang yang tersedia secara komersial yang digunakan untuk merakit PCB prototipe. Banyak dari suku cadang tersebut dilengkapi dengan instruksi pabrik yang menunjukkan seberapa jauh satu sama lain bagian tersebut harus ditempatkan untuk memastikan bahwa panas yang dihasilkan oleh setiap bagian tidak merusak komponen di dekatnya. Biasanya yang terbaik adalah mengikuti ini selama perakitan prototipe PCB; jika tidak, papan mungkin memiliki umur yang sangat pendek.
Memilih bagian-bagian untuk perakitan prototipe PCB harus dilakukan berdasarkan kebutuhan dan fungsionalitas untuk memastikan PCB dioptimalkan untuk tugas yang seharusnya dilakukan. Misalnya, jika PCB dimaksudkan untuk meningkatkan kecepatan pemrosesan, maka menggunakan komponen yang paling terintegrasi dengan unit pemrosesan pusat (CPU) harus dipilih. Ini akan membantu PCB bekerja dengan benar, dan seringkali membuat tugas memilih bagian menjadi lebih mudah.
Penemu mampu mengisi area bagian dalam PCB hingga ke tepi dengan komponen, tetapi ini bisa menjadi ide yang buruk. Selama perakitan prototipe PCB, penemu harus meninggalkan batas sekitar 2.5 milimeter bebas dari bagian apa pun. Jika ada komponen di dekat tepinya, maka komponen tersebut kurang tahan terhadap panas, dan guncangan apa pun pada tepi PCB dapat merusak komponen secara fisik dan merusak PCB.
Sebagian besar bagian yang digunakan dalam perakitan prototipe PCB dapat ditempatkan di mana saja, tetapi ada beberapa yang perlu ditempatkan di tempat tertentu. Meskipun tidak diperlukan, biasanya lebih mudah untuk menempatkan bagian-bagian ini terlebih dahulu. Ini membuatnya lebih mudah untuk merencanakan ke mana bagian-bagian lain pergi, dan memastikan bahwa bagian-bagian ini mendapatkan tempat khusus mereka sebelum bagian lain mengisi zona tersebut.