Menanam pohon jeruk dan pohon jeruk lainnya membutuhkan perhatian yang cermat pada pemangkasan untuk meningkatkan kesehatan pohon secara umum, dan untuk meningkatkan hasil dan ukuran buah yang dihasilkannya. Ada sejumlah ketidaksepakatan tentang cara terbaik untuk melakukan pemangkasan pohon jeruk karena beberapa orang percaya lebih sedikit lebih banyak, sementara yang lain berpikir bahwa pemangkasan yang lebih ekstensif adalah yang terbaik. Apapun preferensi individu, dengan hati-hati menipiskan cabang paling atas dan memotong cabang-cabang itu dari dua sisi dapat membantu menghasilkan hasil yang baik dari pemangkasan pohon jeruk.
Waktu terbaik untuk memangkas pohon jeruk adalah ketika pohon itu telah selesai menghasilkan buah untuk tahun ini, pada akhir musim panas atau awal musim gugur. Sebelum memulai proses pemangkasan pohon jeruk yang sebenarnya, ada baiknya untuk melihat pohonnya dan memutuskan seberapa luas pemangkasan yang diperlukan. Beberapa tahun pohon mungkin membawa lebih banyak kayu mati daripada yang lain, atau masalah hama mungkin berarti pohon membutuhkan pemangkasan yang lebih berat dari biasanya. Selain itu, area tunas di bawah cangkok juga harus disingkirkan sedekat mungkin dengan batang pohon, karena tidak akan menghasilkan buah yang dapat dimakan. Setelah area tersebut diidentifikasi dan dirawat, sisa pohon dapat dipangkas.
Setelah kayu mati dan kayu rusak hama ditebang, tujuan utama pemangkasan pohon jeruk adalah menipiskan cabang atas. Cabang-cabang ini biasanya merupakan tempat paling banyak menghasilkan buah, dan kegagalan memangkas dapat menyebabkan pohon menjadi terlalu banyak tumbuh, menghasilkan buah yang lebih kecil yang tidak enak. Penipisan cabang atas ini menyisakan banyak ruang untuk buah tumbuh, dan juga memungkinkan lebih banyak sinar matahari untuk menyaring ke cabang tengah pohon. Tidak lebih dari sepertiga cabang atas harus dihilangkan.
Memotong cabang pada sudut yang tepat dan membuat jumlah pemotongan yang tepat penting untuk menjaga pohon tetap sehat, dan juga untuk mendorong pertumbuhan baru. Cabang yang lebih kecil dapat dihilangkan dengan satu potongan miring, tetapi untuk cabang yang lebih besar diperlukan dua potongan. Daripada membuat satu potongan besar seluruhnya, pertama potong satu sisi cabang besar secara miring, lalu buat potongan kedua pada sisi yang berlawanan, dengan sudut yang sama. Ini memungkinkan cabang dipangkas tanpa membahayakan kulitnya. Potong cabang dua atau tiga inci dari batang utama pohon saat pemangkasan pohon jeruk untuk melindunginya dari kerusakan kulit kayu.
Pemangkasan secara efektif berarti memperhatikan ukuran dan bentuk keseluruhan pohon serta detail yang lebih halus. Hal ini penting karena akan mempengaruhi kemudahan buah yang muncul saat dipanen. Semakin tinggi pohon, semakin sulit untuk mencapai buah paling atas, jadi umumnya lebih baik memiliki pohon yang lebih pendek dan lebih lebar daripada yang lebih tinggi. Pemangkasan pohon jeruk jenis ini paling baik dimulai saat pohon masih muda, karena lebih mudah untuk mulai melatih bentuk pohon saat masih kecil. Menjaga pohon pada ketinggian maksimum sekitar 8 kaki (2.5 meter) adalah keseimbangan yang baik antara tinggi dan pengelolaan.