Penghapusan rootkit bisa menjadi proses yang sulit dan membuat frustrasi, meskipun ada sejumlah tips yang bisa membuat prosesnya sedikit lebih mudah. Program keamanan tertentu dapat dengan cukup andal mendeteksi dan menangani rootkit yang mungkin ada di komputer, meskipun tidak semua program keamanan dan antivirus dapat melakukan ini secara efektif. Penghapusan rootkit secara manual dapat dilakukan, meskipun ini mungkin tidak praktis bagi banyak pengguna komputer. Penghapusan rootkit berpotensi mengharuskan hard drive yang terinfeksi diformat ulang sepenuhnya, dan semua sistem operasi (OS) pada drive diinstal ulang sesudahnya.
Rootkit adalah jenis perangkat lunak berbahaya, atau malware, yang dapat memperoleh akses ke sistem komputer dan diinstal di berbagai tingkat OS. Setelah rootkit ada di suatu sistem, biasanya ia berfungsi untuk menyembunyikan bentuk malware lain, seperti virus atau worm, atau untuk memberi pengguna yang tidak sah akses ke sistem komputer melalui pintu belakang. Penghapusan rootkit bisa sangat sulit, bagaimanapun, karena cara rootkit bekerja pada sistem komputer, dan bahkan deteksi rootkit yang ada tidak mungkin dilakukan melalui pemindaian antivirus standar. Bentuk terbaik dan termudah dari penghapusan rootkit adalah pencegahan, biasanya melalui penggunaan antivirus dan perangkat lunak keamanan lainnya.
Namun, begitu rootkit ada di sistem komputer, penghapusan rootkit terkadang dapat dibantu oleh program keamanan yang dirancang untuk menghapus rootkit. Banyak suite keamanan, seperti program antivirus dengan fitur keamanan lainnya, tidak memiliki utilitas yang diperlukan untuk menghapus rootkit, sehingga perangkat lunak khusus sering kali diperlukan. Perangkat lunak ini biasanya perlu dijalankan dari drive yang tidak terinfeksi, seperti dari compact disc (CD) atau hard drive universal serial bus (USB). Bahkan jenis penghapusan rootkit ini bisa gagal, tergantung pada rootkit dan seberapa baik perlindungannya dari perangkat lunak keamanan.
Salah satu bentuk penghapusan rootkit yang paling efektif, meskipun juga cukup drastis, adalah memformat ulang hard drive yang terinfeksi. Ini menghilangkan semua data yang terletak di drive, termasuk file OS, program apa pun yang diinstal pada drive, file pribadi yang dibuat pengguna, dan driver yang diinstal pada hard drive itu. Setelah hard drive diformat ulang, penghapusan rootkit harus selesai, dan OS serta file lainnya dapat diinstal ulang dan ditempatkan ke drive. Pemulihan file dari drive yang terinfeksi dapat dilakukan sebelum memformat ulang, meskipun ini harus dilakukan dengan hati-hati untuk memastikan rootkit tidak menyebar ke perangkat tempat file disalin.