Basil pesto tradisional mengandung banyak lemak dari tambahan minyak zaitun, keju, dan kacang-kacangan. Meskipun lemak dari minyak dan kacang-kacangan tidak jenuh dan umumnya dianggap menyehatkan jantung, seorang juru masak mungkin ingin menyiapkan pesto sehat dengan sedikit lemak dan lebih sedikit kalori dengan menghilangkan beberapa atau semua bahan tinggi lemak. Seorang juru masak juga dapat meninggalkan keju atau mengganti versi rendah lemak dengan pesto yang lebih sehat. Jika kemangi tidak tersedia, ia bisa menggantinya dengan sayuran lain, seperti argula atau kangkung.
Biasanya, kacang-kacangan seperti kacang pinus atau kenari ditambahkan ke pesto untuk rasa dan tekstur. Kacang menambahkan lemak dan beberapa protein ke dalam hidangan. Untuk membuat pesto yang sehat, juru masak mungkin ingin mengurangi jumlah kacang yang ditambahkan ke dalam resep. Misalnya, jika sebuah resep membutuhkan 1/4 cangkir (25 gram) kacang pinus, ia dapat mengurangi jumlahnya menjadi 2 sendok makan (12 gram). Kacang kenari kaya akan asam lemak omega-3, jadi juru masak mungkin ingin menggunakannya sebagai pengganti kacang pinus.
Untuk mengurangi kalori dalam pesto sehat lebih banyak lagi, seorang juru masak mungkin ingin mengurangi jumlah Parmesan atau keju keras dan kuat lainnya yang digunakan. Seorang juru masak dapat membuat pesto vegan dengan mengganti Parmesan dengan tahu lembut atau sutra. Dia juga bisa menggunakan keju ricotta bagian-skim bersama dengan sedikit Parmesan. Ricotta atau tahu akan memberi saus tambahan protein juga. Untuk versi yang lebih beraroma, dia bisa mencoba mengganti keju kambing dengan Parmesan dan minyak zaitun.
Minyak dalam banyak resep pesto juga dapat dikurangi hingga setengahnya untuk mengurangi kalori dan lemak. Untuk menebus pengurangan minyak, juru masak perlu menambahkan cairan lain. Air dapat digunakan untuk mengencerkan pesto. Jus lemon akan menambahkan sedikit rasa tajam pada saus. Jika mengurangi jumlah minyak zaitun, seorang juru masak harus menggunakan minyak terbaik yang bisa dia temukan untuk memastikan citarasanya terpancar.
Pesto sehat tidak terbatas pada daun kemangi saja. Beberapa juru masak mengganti kemangi dengan peterseli, terutama di bulan-bulan musim dingin ketika kemangi segar mungkin tidak tersedia. Pilihan lainnya adalah menggunakan arugula, yang memberikan rasa pedas pada pesto. Untuk lebih banyak nutrisi, juru masak bisa menambahkan segenggam kangkung ke pesto di samping kemangi.