Salah satu tanda utama intoleransi gluten pada anak-anak adalah sakit perut, seringkali mengakibatkan penurunan nafsu makan dan muntah. Gejala seperti itu sering menyebabkan kegagalan untuk tumbuh pada tingkat yang tepat. Selain itu, ketidaknyamanan fisik dapat menyebabkan masalah perilaku tertentu, seperti lekas marah, kelelahan, dan depresi. Gejala intoleransi gluten pada anak-anak biasanya tidak diamati sampai mereka cukup besar untuk mulai makan makanan dengan protein ini, seperti roti, keju lunak, sereal, kue, kue kering, pasta, dan daging olahan, untuk beberapa produk.
Kepekaan terhadap gluten, yang merupakan protein yang ditemukan dalam gandum, barley, rye, dan oat, tidak selalu diketahui anak-anak karena orang tua mungkin tidak memperhatikan gejalanya. Di antara indikator utama intoleransi gluten pada anak-anak adalah ketidaknyamanan di saluran usus. Nafsu makan yang menurun adalah tanda lain, kemungkinan karena adanya kram perut dan nyeri, sehingga sulit untuk berpikir tentang makan. Muntah sering terjadi bahkan ketika anak benar-benar makan. Diare, gas, dan sembelit adalah masalah perut lain yang sering muncul pada anak-anak dengan intoleransi gluten. Faktanya, mulas, sindrom iritasi usus besar, refluks asam, dan pendarahan dubur semua dapat terjadi pada anak-anak yang memiliki intoleransi gluten, sehingga bijaksana bagi mereka untuk menghindari makanan yang menyebabkan masalah tersebut.
Ketidaknyamanan perut ini sering menyebabkan penurunan berat badan, atau setidaknya ketidakmampuan untuk menambah berat badan dengan benar. Perut bengkak yang dipasangkan dengan kaki dan lengan yang kurus tidak normal seringkali bisa menjadi tanda intoleransi gluten pada anak-anak. Ini karena mereka tidak dapat menyerap nutrisi dengan benar, dan biasanya sering merasa sakit sehingga tidak makan sebanyak atau sesering yang seharusnya. Pubertas sering juga tertunda selama bertahun-tahun pada anak-anak dengan intoleransi gluten, karena mereka tidak dapat makan banyak selama tahun-tahun di mana mereka seharusnya tumbuh paling banyak.
Begitu banyak ketidaknyamanan fisik dan ketidakmampuan untuk tumbuh sering kali dapat menyebabkan perubahan perilaku pada anak-anak yang terkena. Iritabilitas, kelelahan, perubahan suasana hati, dan depresi semua sering terjadi pada anak-anak yang tidak mampu menyerap nutrisi dengan baik karena intoleransi gluten. Sakit kepala, anemia, dan nyeri sendi biasanya tidak membuat suasana hati menjadi lebih baik. Selain itu, anak-anak dengan masalah ini biasanya menderita masalah medis ringan namun menyakitkan lainnya, seperti sariawan, eksim pada kulit, dan masalah gigi. Gejala seperti itu diharapkan, dan biasanya berkontribusi pada perubahan perilaku, sampai anak didiagnosis dengan intoleransi gluten, dan akhirnya menghentikan makanan yang menyebabkan masalah tersebut.