Struktur organisasi nirlaba yang khas dipecah menjadi tiga kategori utama. Kategori tersebut meliputi tata kelola, administrasi, dan program. Dalam tiga divisi utama ini, ada juga banyak subkategori atau subdivisi yang termasuk dalam masing-masing. Keadaan di mana organisasi nirlaba mendaftar juga mempengaruhi keseluruhan struktur organisasi.
Tata kelola struktur organisasi nirlaba adalah dewan direksi. Dewan direksi mungkin beberapa individu yang duduk di dewan atau puluhan anggota. Terutama, ukuran dewan tergantung pada ukuran dan kebutuhan organisasi nirlaba. Ukuran dewan juga tergantung pada negara bagian di mana organisasi tersebut bermarkas. Peran utama dewan direksi adalah untuk membuat dan menegakkan kebijakan organisasi.
Kategori utama kedua dari organisasi nirlaba adalah administrasi. Sementara dewan direksi bukanlah staf yang dibayar, tetapi hanya pihak yang berkepentingan atau sukarelawan, administrasi adalah staf yang dibayar. Dua subkategori utama karyawan atau administrasi adalah direktur eksekutif atau presiden dan staf. Tentu saja, staf dapat terdiri dari berbagai karyawan.
Karena premis nirlaba adalah untuk melaksanakan tujuan tertentu, area program dari struktur organisasi nirlaba bekerja untuk menciptakan dan mengimplementasikan program yang memenuhi tujuan. Misalnya, jika nirlaba adalah museum sejarah, maka tujuannya adalah untuk mencatat sejarah daerah tertentu. Program dapat mencakup acara sosial, lokakarya, dan bahkan wisata sejarah di daerah tersebut.
Bidang program utama meliputi perencanaan, penggalangan dana, hubungan masyarakat, pemasaran, operasi, koordinasi sukarelawan, pengembangan dan sumber daya manusia. Sekali lagi, bahkan di dalam subkategori program ini, ada subkategori tambahan. Program pemasaran dapat terdiri dari direktur pemasaran, manajer pemasaran, dan manajer hubungan masyarakat. Area penggalangan dana mungkin memiliki koordinator basis data, direktur keanggotaan, dan perencana acara.
Undang-undang negara bagian di mana organisasi nirlaba dimulai dan beroperasi juga mengatur struktur organisasi nirlaba. Misalnya, di Texas, sebuah organisasi nirlaba harus memiliki minimal tiga direktur yang duduk di dewannya. Negara juga mensyaratkan satu orang yang bertindak sebagai presiden organisasi, sedangkan orang yang terpisah harus bertindak sebagai sekretaris dewan dan organisasi. Undang-undang negara bagian lebih lanjut menjelaskan bahwa presiden dan sekretaris tidak boleh orang yang sama, melainkan dua orang yang terpisah.