Struktur organisasi khas sebuah maskapai penerbangan cenderung mencakup beberapa lapisan manajemen. Ini mungkin juga meluas ke lini bisnis yang terkait tetapi melampaui layanan maskapai tradisional. Sebuah maskapai penerbangan mungkin dipisahkan oleh penjualan dan operasi penerbangan, misalnya, dan mungkin ada partisipasi dan komunikasi antara kepala divisi ini untuk menciptakan bisnis yang lebih efisien. Manajemen maskapai penerbangan di wilayah mana pun harus mendukung kepatuhan terhadap standar federal untuk industri tersebut. Mungkin juga struktur organisasi yang khas untuk berkembang seiring dengan perubahan kebutuhan industri.
Struktur hierarki di sebuah maskapai penerbangan dapat menjadi semakin kompleks seiring dengan berkembangnya organisasi. Ekspansi dapat merupakan hasil dari konsolidasi industri, di mana satu maskapai membeli yang lain, atau dapat mencakup penambahan layanan baru. Hasil dari salah satunya seringkali menghasilkan tenaga kerja yang lebih besar dan pelanggan tambahan, yang semuanya membutuhkan sumber daya yang lebih besar dan seringkali penambahan lapisan manajemen untuk mempertahankannya.
Seorang chief executive officer (CEO) sering berada di kepala struktur hierarkis di sebuah maskapai penerbangan. Melalui eksekutif ini, setiap dan semua keputusan besar dibuat. CEO bukan satu-satunya manajer yang terlibat, tetapi dia memiliki andil dalam keputusan besar. Seorang chief financial officer (CFO) terlibat dalam menciptakan nilai bagi pemegang saham, mengukur kinerja keuangan di perusahaan, dan menentukan bagaimana kinerja keuangan dapat ditingkatkan. Biasanya, maskapai penerbangan publik akan menyertakan dewan direksi, yang merupakan sekelompok individu yang memberikan suara pada keputusan besar di sebuah maskapai penerbangan.
Profesional penjualan dan pemasaran biasanya dikelompokkan dengan cara yang sama. Di sisi operasi adalah pilot, pramugari dan pekerja pemeliharaan. Tidak tertutup kemungkinan struktur organisasi suatu maskapai penerbangan dapat diperluas sesuai kebutuhan.
Media sosial semakin menjadi penting bagi maskapai penerbangan. Perusahaan menggunakan Internet untuk mempromosikan kesepakatan, untuk memicu minat pelanggan dan untuk menerima umpan balik dari publik. Departemen atau grup media sosial mungkin digabungkan menjadi bagian dari operasi pemasaran dan dapat mencakup hanya segelintir anggota staf, tetapi individu-individu ini masih dapat memiliki dampak signifikan pada maskapai.