Struktur amilase, enzim yang memecah pati dan gula kompleks menjadi gula sederhana, biasanya cukup sederhana, tetapi enzim memainkan peran penting dalam pencernaan karbohidrat. Ada dua variasi berbeda dari molekul ini, yang disebut alfa amilase dan beta amilase. Tubuh manusia memiliki dua jenis alfa amilase, satu di air liur dan satu di pankreas. Kedua molekul ini penting dalam pencernaan karbohidrat, karena tubuh tidak dapat mencerna gula dan pati kompleks tanpa memecahnya terlebih dahulu. Beta amilase tidak ada dalam tubuh manusia, dan biasanya ditemukan pada tumbuhan dan biji-bijian.
Sementara struktur dan jenis amilase dapat bervariasi di antara organisme, ada beberapa karakteristik yang dimiliki oleh semua molekul amilase. Amilase alfa dan beta keduanya mengandung struktur yang disebut wilayah barel, yang berkontribusi banyak pada bentuk keseluruhan enzim. Semua enzim juga memiliki area penting yang disebut situs aktif. Ini adalah bagian dari enzim yang mengikat gula kompleks atau pati untuk memecahnya. Proses penguraian karbohidrat di situs aktif melibatkan interaksi antara beberapa kelompok atom dan ion, baik di situs aktif maupun pada molekul karbohidrat.
Dalam tubuh manusia, struktur amilase serupa apakah ditemukan di air liur atau di pankreas. Kedua varian amilase manusia adalah molekul kecil yang terdiri dari rantai tunggal blok bangunan yang disebut asam amino. Rantai asam amino membentuk tiga wilayah berbeda yang disebut domain, dan setiap domain memiliki fungsi biologis spesifik yang membantu pemecahan karbohidrat. Dua dari domain ini terkait erat bersama, sedangkan domain ketiga dapat bervariasi secara signifikan di antara amilase. Terlepas dari kesamaannya, amilase saliva dan pankreas tidak dapat dipertukarkan; amilase pankreas biasanya menyelesaikan pekerjaan yang dimulai dengan amilase saliva.
Meskipun struktur amilase biasanya sederhana, ada beberapa varian yang secara signifikan lebih kompleks daripada kebanyakan. Kebanyakan amilase alfa memiliki panjang yang sangat mirip, tetapi beberapa melipat menjadi lebih dari tiga domain umum. Beberapa amilase beta sangat besar dibandingkan dengan amilase alfa, yang mengandung empat rantai asam amino terpisah, bukan satu. Dalam hal ini, struktur amilase empat kali lebih besar dari kebanyakan yang lain dibangun. Banyak tanaman pangan yang dikenal mengandung jenis amilase ini, termasuk jelai, kedelai, dan ubi jalar, tetapi ukuran molekul amilase tidak meningkatkan atau mengurangi sifat nutrisi tanaman.