Pembuangan limbah medis memerlukan perawatan khusus karena sifat limbah medis dan biomedis yang sangat berbahaya. Jenis limbah ini dapat mencakup cairan berbahaya, padatan, bahan kimia, dan benda tajam. Limbah medis berpotensi menimbulkan risiko kesehatan dan lingkungan yang serius jika dibuang secara tidak benar. Ada beberapa metode yang benar dan relatif aman untuk menghilangkan dan menghancurkan bahan biohazardous, termasuk pemisahan ke dalam wadah yang dikoordinasikan dengan warna, diberi label dan disegel; sterilisasi uap; pembakaran; dan merobek-robek.
Limbah medis terutama berasal dari tempat di mana penyakit dirawat dan didiagnosis atau di mana manusia dan hewan yang mati ditangani. Tempat-tempat umum di mana pembuangan limbah medis secara teratur diperlukan termasuk rumah sakit, fasilitas perawatan rumah sakit, kamar mayat, laboratorium dan kantor dokter hewan. Sebuah fasilitas seringkali bergantung pada kontraktor luar untuk pembuangan dan pengelolaan limbah medis daripada mencoba mengurusnya sendiri.
Sebagian besar metode pembuangan limbah medis harus dimulai di fasilitas tempat limbah tersebut diproduksi. Prosedur yang ketat biasanya diterapkan untuk penahanan awal berbagai jenis bahan berbahaya, terutama yang melibatkan pemisahannya dari jenis limbah lainnya. Jarum dan benda tajam lainnya, misalnya, harus dikumpulkan dalam wadah yang diberi label khusus dan berwarna; hal yang sama berlaku untuk biohazards lainnya seperti bangkai, bahan kimia, racun dan kontaminasi virus. Ini tidak hanya membantu membuang barang-barang tersebut, tetapi juga mencegah kontaminasi silang dari berbagai bentuk biohazard.
Pembersihan dan sterilisasi peralatan medis yang dapat digunakan kembali adalah bentuk lain dari pembuangan limbah medis. Ini adalah metode yang populer, dan memungkinkan penggunaan peralatan mahal yang aman dan berkelanjutan. Metode pembersihan termasuk sterilisasi melalui microwave, uap dan pembersihan kimia. Darah manusia, misalnya, umumnya dapat dituangkan ke saluran pembuangan biasa setelah disterilkan dengan uap.
Setelah dikumpulkan, seringkali perlu untuk memusnahkan limbah medis sehingga tidak dapat kembali ke lingkungan. Insinerasi adalah metode populer untuk menghancurkan limbah medis, di mana limbah tersebut dimasukkan ke dalam suhu yang sangat tinggi dan didetoksifikasi. Ini hanya berlaku untuk jenis limbah medis tertentu; pembakaran beberapa jenis dapat memasukkan bahan berbahaya lainnya ke udara, seperti merkuri atau dioksin. Demikian pula, benda tajam dapat dilebur atau diparut untuk mengurangi potensi situasi yang lebih berbahaya dan kecelakaan lingkungan.
Di banyak negara, pembuangan limbah berbahaya diatur oleh pemerintah untuk keselamatan dan kesejahteraan umum warganya. Di Amerika Serikat, misalnya, Badan Perlindungan Lingkungan (EPA) menetapkan peraturan dan pedoman untuk pembuangan, pengangkutan, dan penghancuran limbah berbahaya secara aman. Di Inggris, Badan Lingkungan memberikan panduan seperti itu.