Kelelawar adalah hewan yang bermanfaat, tetapi mereka dapat menyebabkan masalah besar ketika mereka pindah ke rumah. Penyakit merupakan bahaya besar dari infestasi kelelawar, termasuk histoplasmosis dari menghirup kotorannya, yang dikenal sebagai guano, dan risiko rabies dari penanganan kelelawar yang terinfeksi. Pembuangan dan pembersihan kelelawar harus ditangani oleh ahlinya. Ada beberapa cara pemilik rumah dapat mencegah kolonisasi kelelawar awal, atau infestasi di masa depan.
Kurang dari satu persen populasi kelelawar membawa virus rabies. Semua kontak dengan kelelawar harus dihindari, karena kelelawar gila tidak selalu menunjukkan perilaku yang tidak biasa. Histoplasmosis adalah penyakit paru-paru yang disebabkan oleh menghirup jamur yang ada di kotoran kelelawar atau burung. Guano kelelawar dan urin juga dapat menyebabkan kerusakan struktural pada rumah. Kelelawar yang ditemukan di dalam ruangan mungkin berarti pemindahan kelelawar perlu dilakukan.
Pemilik rumah yang menemukan kelelawar di dalam rumah sangat dianjurkan untuk tidak menyentuhnya dengan tangan kosong. Sarung tangan kulit tebal akan melindungi dari gigitan. Jaring atau handuk dapat dilemparkan dengan lembut di atas kelelawar untuk menangkapnya. Jika pada tirai atau permukaan vertikal lainnya, sebuah kotak atau dapat ditempatkan di atas kelelawar dan papan datar atau selembar karton meluncur di bawahnya. Departemen kesehatan setempat atau kontrol hewan dapat membantu mengirimkan kelelawar untuk pengujian rabies.
Karena banyak spesies kelelawar dilindungi, pemusnahan adalah ilegal di banyak daerah. Penghapusan kelelawar paling baik dilakukan dengan pengecualian, dan harus dihindari antara Mei dan Agustus ketika kelelawar bayi yang tidak dapat terbang kemungkinan besar ada. Seorang ahli pertama-tama akan memeriksa struktur secara menyeluruh untuk melihat di mana kelelawar masuk dan keluar. Kelelawar dapat masuk melalui bukaan sekecil 1/2 inci (1.27 cm), sehingga pemeriksaan harus mencakup semua atap pelana, lubang angin, dan lubang gantung pada bangunan.
Setelah bukaan yang dapat diakses diidentifikasi, perangkat penutup satu arah yang terbuat dari plastik atau jaring dapat dipasang yang memungkinkan kelelawar keluar tetapi tidak masuk kembali. Ketika pelepasan kelelawar selesai, perangkat dapat dilepas dan bukaan disegel. Remediasi guano dan perbaikan kerusakan yang disebabkan oleh kelelawar kemudian dapat dimulai. Asuransi dapat mencakup pembersihan dan proses pengecualian karena hewan tersebut bukan hewan pengerat.
Pemeliharaan struktur secara teratur untuk mengidentifikasi lubang-lubang kecil dan celah-celah tempat kelelawar dapat masuk akan membantu mencegah mereka kembali. Ventilasi atap pelana dapat diblokir dengan jaring kawat, dan semua retakan harus ditutup dengan dempul. Setelah penghapusan kelelawar berhasil, rumah kelelawar dapat dipasang di halaman jika pemilik rumah ingin memelihara hewan di sekitar untuk kemampuan pengendalian serangga mereka.