Pada dasarnya ada tiga jenis perangkat lunak e-niaga: program out-of-the-box, program berkode khusus dan program yang disediakan oleh perusahaan hosting e-niaga. Opsi ini dapat dibagi lebih lanjut ke dalam jenis perangkat lunak e-niaga yang lebih spesifik. Penggunaan database relasional, akses ke aplikasi akuntansi dari dalam perangkat lunak dan ada tidaknya keranjang belanja adalah beberapa fitur yang menentukan berbagai jenis perangkat lunak e-commerce.
Istilah “e-commerce” mengacu pada perdagangan elektronik, atau kemampuan untuk menjual dan membeli barang dagangan dan layanan menggunakan teknologi Internet. Jenis dan ukuran bisnis membantu menentukan jenis perangkat lunak e-niaga apa yang akan dibutuhkan. Misalnya, situs web komersial yang hanya menjual beberapa item mungkin tidak memerlukan perangkat lunak yang menyertakan keranjang belanja jika pelanggan jarang membeli lebih dari satu item atau layanan dalam satu waktu. Perusahaan besar yang menawarkan banyak produk berbeda, di sisi lain, mungkin merasa sangat penting untuk memiliki perangkat lunak yang di dalamnya terdapat keranjang belanja. Pelanggan sering kali ingin membeli beberapa item atau layanan dengan satu kali transaksi.
Kehadiran database relasional juga cenderung sangat penting saat menjual banyak barang dan jasa. Ini terutama benar ketika barang tersedia dalam berbagai ukuran, warna, dan jumlah. Basis data relasional dalam perangkat lunak e-niaga mungkin dianggap sebagai sistem inventaris yang dapat diperbarui dengan cepat, mencegah pelanggan memesan barang yang sudah habis atau tidak lagi tersedia. Usaha kecil mungkin tertarik dengan perangkat lunak e-niaga yang memiliki program akuntansi terintegrasi.
Semua jenis perangkat lunak e-commerce ini harus dipelajari dengan cermat untuk mempertimbangkan kelebihan dan kekurangannya. Perangkat lunak out-of-the-box umumnya lebih disukai oleh individu atau perusahaan yang sangat kecil yang tidak memiliki pengetahuan tentang pengembangan web. Keuntungannya termasuk kebebasan untuk membuat kode perangkat lunak untuk memenuhi kebutuhan dan tuntutan bisnis yang spesifik. Pengetahuan pemrograman, bagaimanapun, dan pemahaman yang kuat tentang hypertext mark-up language (HTML) diperlukan kecuali jika layanan pengembang web dapat dibeli. Jenis perangkat lunak ini dapat diperoleh secara gratis atau dengan biaya.
Perangkat lunak yang tidak dikodekan dari awal harus dikonfigurasi atau “di-tweak” oleh setiap individu atau perusahaan yang berencana menggunakannya. Tergantung pada ukuran dan fitur perangkat lunak, mungkin cukup, tetapi mungkin “besar” untuk bisnis kecil. Program e-niaga yang dihosting mungkin mengharuskan pembayaran reguler, dan mungkin ada pembatasan penggunaan aplikasi.