Ada beberapa jenis pakan budidaya, antara lain pakan alami dan buatan. Pakan alami jatuh ke dalam salah satu dari tiga kategori: hewan dan tumbuhan alami, ikan rucah, dan organisme makanan hidup. Petani akua memelihara bahan makanan hewani dan tumbuhan alami dengan ikan sebagai lawan dari ikan rucah, yang bukan bahan makanan hidup. Organisme makanan hidup adalah makanan khusus yang umumnya diumpankan ke ikan yang sangat kecil atau produk aqua-farm dalam tahap larva mereka. Beberapa pakan khusus memiliki aditif, seperti vitamin, obat-obatan, atau vaksin.
Hewan atau ikan dan tumbuhan alami memiliki beberapa kelebihan dan kekurangan. Seringkali makanan ini lebih murah daripada beberapa pilihan lainnya. Ikan atau makanan laut lainnya bebas diberi makan kapan pun mereka lapar karena produk alami hidup bersama dengan produk aqua-farm. Petani akuakultur memiliki kontrol yang lebih kecil terhadap pakan akuakultur ini, dan mereka mungkin tidak memenuhi kebutuhan nutrisi penuh dari tanaman akuakultur.
Pakan ikan kasar atau rucah, yang merupakan ikan nonkomersial, lebih mahal daripada pakan budidaya alami. Seorang pembudidaya air perlu memperhitungkan biaya penyimpanan ikan rucah di lemari es atau dibekukan. Beberapa ikan atau makanan laut tidak akan menerima makanan buatan, dan oleh karena itu beberapa petani aqua mengandalkan ikan rucah. Kerugian menggunakan ikan rucah adalah ikan ini lambat menggemukkan ikan. Jangka waktu yang lebih lama antara penetasan dan panen berarti keuntungan yang lebih rendah.
Produsen menawarkan pakan budidaya buatan dalam bentuk pelet mengambang atau tenggelam, remah, dan serpih, serta bentuk pasta dan lembab. Biasanya, pakan buatan mengandung persentase tepung ikan yang tinggi. Makanan buatan meningkatkan pertumbuhan relatif cepat. Salah satu kelemahan utama adalah bahwa pembudidaya air harus menyesuaikannya untuk tanaman pangan, menggunakan spesies, umur, dan faktor lainnya sebagai pedoman. Beberapa ikan atau makanan laut mungkin tidak memakan pakan buatan.
Organisme pakan hidup berbeda dengan pakan budidaya alami karena merupakan mikroorganisme seperti mikroalga, hewan mikroskopis yang disebut rotifera, dan lain-lain. Jenis bahan makanan ini bermanfaat untuk ikan yang baru menetas dan tahap larva beberapa spesies. Tergantung pada spesiesnya, organisme makanan hidup dapat berupa tumbuhan atau hewan air. Ada banyak kerugian menggunakan organisme makanan hidup. Biasanya, seseorang membutuhkan keterampilan dan pengetahuan khusus untuk memelihara organisme, dan prosesnya sangat memakan waktu, yang meningkatkan biaya upah.
Pakan tambahan akuakultur lebih murah dan lebih berlimpah daripada banyak pakan. Mereka tidak cocok untuk menjadi satu-satunya sumber makanan, tetapi melengkapi bahan makanan normal. Biasanya pakan ini hanya berisi biji-bijian, seperti kedelai, gandum, dan beras. Kerugian memiliki biaya tambahan pakan tambahan diimbangi dengan peningkatan pertumbuhan pakan yang dihasilkan.
Para petani akua memberikan pakan obat untuk tanaman ikan mereka untuk memerangi banyak penyakit dan penyebab stres lainnya yang menyerang kesehatan tanaman mereka. Ikan dan tanaman budidaya lainnya rentan terhadap stres akibat kelebihan populasi, nutrisi yang buruk, dan masalah lainnya. Kualitas air yang buruk, seperti oksigen rendah dan amonia atau nitrit yang tinggi, dapat mempengaruhi kesehatan tanaman. Produsen memformulasikan beberapa pakan akuakultur obat untuk mengatasi masalah ini. Mereka merancang pakan obat khusus untuk setiap spesies, dan pembudidaya air harus memperhatikan hal ini saat membeli pakan jenis ini.