Mesin pemotong jet air dapat memotong berbagai bahan dengan mudah, tetapi beberapa jenis paling baik untuk bahan tertentu. Misalnya, pancaran air biasa dapat memotong bahan yang lebih lembut dengan bersih, sedangkan pancaran air abrasif biasanya paling baik dalam memotong benda yang lebih keras. Kategori terakhir dipecah menjadi beberapa jenis, karena ada mesin pemotong jet air abrasif bubur, serta jenis entrainment. Selain itu, jet suspensi air abrasif dianggap sebagai jenis jet air abrasif yang lebih maju, karena umumnya yang paling efisien dalam memotong bahan keras dengan cepat dan tepat.
Mesin pemotong jet air standar menggunakan aliran air yang bertekanan cukup untuk memungkinkannya mengiris material. Paling baik digunakan untuk memotong benda-benda yang lunak atau sudah memiliki beberapa retakan sehingga alat ini dapat mengirisnya dengan bersih. Beberapa bahan yang biasa dipotong oleh mesin pemotong water jet biasa antara lain popok, interior mobil, dan kertas tisu.
Benda yang lebih keras biasanya memerlukan penggunaan mesin pemotong jet air abrasif, di mana air digunakan untuk mendorong partikel abrasif yang dapat dengan mudah mengikis bahan keras. Partikel abrasif biasanya berbagai batu yang digiling menjadi pasir, dan bahan khas yang dipotong oleh mesin pemotong jet air abrasif termasuk logam, batu, dan keramik. Sistem bubur jet air abrasif bekerja dengan mencampur partikel abrasif dengan air sebelum tekanan terjadi. Sayangnya, proses ini cenderung mempercepat keausan pada mesin sehingga membutuhkan perawatan dan perbaikan yang sering.
Sistem entrainment jet air abrasif, di sisi lain, mencampur partikel abrasif dalam ruang setelah air melewati nosel. Setelah partikel telah didorong ke depan dengan air, mereka dikirim keluar lubang di sungai. Proses ini biasanya menyebabkan lebih sedikit keausan pada mesin.
Banyak yang menganggap sistem jet suspensi air abrasif sebagai jenis yang paling efisien, karena dikenal untuk memotong objek dengan tepat dan cepat tanpa menggunakan daya yang berlebihan. Mesin pemotong jet air ini menahan partikel abrasif dalam gel berbasis air, yang kemudian didorong ke arah bahan yang akan dipotong. Cukup tepat untuk mengiris dengan sempurna benda-benda kecil, oleh karena itu sering digunakan dalam proyek permesinan mikro.