Ada banyak spesies pohon yang terancam punah. Industri, hewan, infestasi serangga, penyakit pohon, dan spesies tanaman invasif non-asli adalah beberapa alasan mengapa pohon terancam punah. Pohon penting karena menyediakan makanan dan tempat berlindung bagi hewan. Mereka juga memetabolisme karbon dioksida menjadi oksigen.
Bois dentelle adalah pohon yang sangat langka dan terancam punah. Ini memiliki bunga besar, berenda, putih, dan asli dari hutan awan di pulau Mauritius. Pada 2010, hanya ada dua yang tersisa di alam liar. Satu telah ditransplantasikan ke pembibitan pemerintah dalam upaya untuk menumbuhkan keturunan. Bois dentelle sebagian besar telah dimusnahkan oleh spesies non-asli yang telah menguasai daerah tersebut.
Pohon Cedar Clanwilliam ditemukan di pegunungan Cederburg di Afrika Selatan. Mereka adalah pohon besar dan megah, mencapai ketinggian maksimum sekitar 18 meter (59 kaki). Cantik dan tahan busuk, kayu ini sering digunakan pada tahun 1800-an untuk perabotan dan bangunan. Panen, perubahan iklim, dan beberapa kebakaran besar telah berkontribusi pada penurunan spesies ini.
Loulu adalah sejenis pohon palem yang berasal dari beberapa pulau Hawaii. Pada 2010, ada kurang dari 300 pohon ini. Alasan kepunahan adalah hewan memakan biji dan disingkirkan oleh spesies invasif.
Pohon naga Nubian dulunya sangat melimpah di Afrika Utara dan Arab Saudi. Mereka tumbuh di pegunungan, dan buahnya dimakan oleh penduduk desa untuk melengkapi makanan mereka dan mungkin mengobati penyakit. Spesies ini terancam oleh penyakit. Ini adalah salah satu dari sedikit spesies pohon yang dapat bertahan hidup dalam periode kekeringan yang panjang.
Pohon quercus hintonii adalah pohon asli Meksiko yang terancam punah. Pohon ini tumbuh hingga 15 meter (sekitar 49 kaki). Ini adalah pohon gugur dan dikenali oleh dedaunan merah cerah di musim semi. Pohon yang terancam punah ini dihancurkan untuk pertanian, termasuk perkebunan kopi dan ruang penggembalaan untuk ternak. Kayunya juga populer untuk kerajinan.
Di St. Helena, sebuah pulau di Samudra Atlantik, gumwood telah dinyatakan sebagai pohon nasional. Pohon yang terancam punah ini tumbuh setinggi 8 meter (sekitar 29 kaki) dan memiliki kanopi daun yang besar. Bunga putih besar mekar di musim dingin dan musim semi. Alasan kepunahan termasuk infestasi serangga, spesies invasif, dan penggunaan manusia.
Pinus Wollemi pernah dianggap punah, tetapi beberapa ditemukan pada tahun 1994. Ini adalah pohon konifer tetapi memiliki daun kecil, bukan jarum. Pohon dewasa tingginya mencapai 40 meter (sekitar 131 kaki). Kulitnya dikatakan menyerupai cokelat yang menggelegak, yang membuatnya unik. Wisatawan adalah ancaman terbesar bagi keselamatan pinus Wollemi, karena mereka dapat membawa bahaya seperti infeksi dan kebakaran.