Ada beberapa jenis enzim sistem pencernaan, masing-masing dirancang untuk memecah bagian makanan yang berbeda, yang dapat ditemukan di berbagai titik dalam sistem pencernaan. Kategori utama enzim adalah amilase, lipase, protease, dan nuklease. Kelenjar di mulut, lambung, usus kecil, dan pankreas mensekresikan sebagian atau semuanya saat makanan melewati saluran pencernaan sehingga dapat dipecah dan digunakan oleh tubuh. Mayoritas enzim pencernaan ditemukan dalam jus pankreas, meskipun mereka juga ada dalam air liur dan cairan pencernaan lambung.
Salah satu enzim pertama yang memulai proses pencernaan adalah amilase. Jenis enzim ini dirancang untuk memecah karbohidrat menjadi gula sederhana yang dapat diproses oleh tubuh. Ini pertama kali disekresikan ke dalam mulut oleh kelenjar ludah, di mana ia mulai mencerna makanan seperti buah-buahan, sayuran, dan kacang-kacangan. Lebih banyak amilase kemudian diproduksi oleh pankreas dan dikirim ke usus kecil, di mana ia terus membantu memecah karbohidrat. Ada beberapa subkategori amilase, masing-masing dirancang untuk memproses jenis karbohidrat tertentu; misalnya, laktase memecah gula susu dan sukrase memecah pati dan gula kompleks.
Protease adalah kelompok enzim sistem pencernaan yang memecah protein yang terkandung dalam daging, kacang-kacangan, dan keju. Lambung dan pankreas membuat protease, jadi pemrosesan protein dimulai lebih jauh ke dalam sistem pencernaan daripada karbohidrat. Protein perlu dipecah menjadi asam amino, yang sangat penting bagi semua sel untuk berfungsi. Jenis utama protease yang ditemukan dalam tubuh manusia adalah pepsin dan peptidase.
Enzim sistem pencernaan lainnya adalah lipase. Fungsi lipase adalah untuk memecah lemak, seperti yang ditemukan dalam minyak, daging, dan susu. Beberapa lipase dihasilkan di mulut dan perut, tetapi sebagian besar berasal dari pankreas dan bekerja di usus kecil. Di sini ia bekerja dengan empedu, yang dihasilkan oleh hati, yang mengemulsi molekul lemak besar, membuatnya lebih kecil sehingga lipase kemudian dapat memecahnya lebih lanjut menjadi gliserol dan asam lemak.
Pankreas juga menghasilkan enzim terakhir dari sistem pencernaan, nuklease. Enzim ini dibuat untuk memecah asam nukleat seperti DNA dan RNA. Ini bertindak untuk memisahkan ikatan antara nukleotida, yang kemudian melepaskan nitrogen dan gula sederhana.