Tenggorokan atau faring menampung berbagai macam bakteri pada waktu tertentu. Beberapa penelitian telah dilakukan untuk mengidentifikasi flora normal tenggorokan, bakteri yang terdapat pada kebanyakan orang sehat. Beberapa bakteri yang hidup di tenggorokan mampu menyebabkan penyakit jika inang menjadi stres, sementara yang lain memiliki peran netral atau bahkan menguntungkan bagi kesehatan inang. Untuk mengetahui lebih lanjut tentang bakteri tenggorokan spesifik mereka, orang dapat memiliki kultur bakteri, di mana usapan tenggorokan diambil dan dibudidayakan untuk melihat apa yang tumbuh.
Pada waktu tertentu, bakteri dalam genus Mycoplasma, Mycobacteria, Neisseria, Streptococcus, Corynebacteria, Lactobacillus, dan Proteus dapat ditemukan di tenggorokan banyak orang. Bakteri dalam kelas Spirochaetes dan Actinomycetes juga umum, seperti organisme Haemophilus influenze dan Pesudomonas aeruginosa. Keseimbangan bakteri yang normal berkontribusi pada kerja sistem pencernaan, dan juga bertindak untuk mengusir bakteri jahat yang mungkin menyerang tenggorokan.
Pembaca mungkin mengenali nama beberapa flora normal tenggorokan. Streptococcus adalah genus bakteri yang terkait dengan radang tenggorokan, infeksi tenggorokan yang disebabkan oleh kolonisasi bakteri Streptococcus grup A. Neisseria, penghuni tenggorokan lainnya, dapat menyebabkan meningitis dalam bentuk infeksi Neisseria meningitidis, dan Corynebacterium diphtheriae bertanggung jawab atas difteri. Memiliki organisme ini di tenggorokan tidak berarti bahwa seseorang akan sakit, kecuali jika tuan rumah mengalami stres atau kesehatan yang buruk yang memberikan celah bagi bakteri.
Kebanyakan radang tenggorokan dan infeksi tenggorokan sebenarnya bukan disebabkan oleh bakteri, tetapi oleh virus atau jamur, dalam kasus sariawan, yang merupakan infeksi yang disebabkan oleh kolonisasi dengan ragi Candida albicans. Ketika keseimbangan bakteri tidak terkendali dan satu jenis mulai tumbuh terlalu cepat, orang dapat mengalami sakit tenggorokan dan berbagai gejala lainnya. Kultur tenggorokan dapat dilakukan untuk melihat organisme mana yang bertanggung jawab, dan antibiotik dapat diresepkan untuk mengembalikan keseimbangan normal.
Studi tentang penggunaan antibiotik jangka panjang telah menunjukkan bahwa orang dapat mengganggu bakteri mulut dan tenggorokan jika mereka minum antibiotik untuk jangka waktu yang lama. Hal ini, pada gilirannya, dapat membuat orang rentan terhadap hal-hal seperti infeksi jamur, karena kompetisi bakteri untuk sumber daya dihilangkan. Inilah salah satu alasan mengapa para profesional medis mencoba untuk berhati-hati dalam meresepkan antibiotik, dan untuk memastikan bahwa pasien menggunakan antibiotik sesuai resep untuk menghindari masalah kesehatan jangka panjang.