Ada tiga jenis bahan utama kue keju. Ini adalah mereka yang membuat dasar, campuran kue keju utama itu sendiri, dan topping atau perasa tambahan. Beberapa jenis kue keju seperti kue keju New York yang dipanggang mungkin hanya membutuhkan dua jenis kue keju pertama. Ada kemungkinan untuk membuat dua kue keju yang sangat berbeda menggunakan bahan kue keju yang sangat berbeda, tetapi ada satu tema umum dalam penggunaan keju lunak sebagai bahan utama.
Bagian pertama dari cheesecake yang akan dibuat biasanya adalah bagian dasarnya. Biskuit biasanya dihancurkan dan kemudian diikat bersama dengan mentega cair untuk membentuk dasarnya. Di sini juga dimungkinkan untuk mencampur gula atau sirup. Biskuit gaya pencernaan biasanya digunakan, tetapi biskuit yang dihancurkan dan biskuit keras atau kering lainnya dapat digunakan untuk memberikan tekstur atau rasa yang berbeda. Beberapa kue keju menggunakan bahan dasar spons, yang menggunakan bahan spons tradisional seperti tepung, telur, gula, dan mentega.
Kue keju dingin biasa, yang tidak memerlukan pembekuan, mengandung sejumlah bahan kue keju yang umum. Bahan utamanya adalah keju yang lembut. Ini bisa berupa keju lunak jenis umum, mascarpone atau jenis bermerek. Keju yang lembut dapat dicampur dengan sejumlah bahan cheesecake lainnya untuk menghasilkan rasa yang beragam. Bahan umum lainnya yang digunakan sebagai mixer termasuk zest atau jus, cokelat putih leleh, dan krim ganda.
Chocolate cheesecakes, di sisi lain, akan mencampur keju lembut dengan bubuk kakao dan/atau dark chocolate atau milk chocolate yang dilelehkan. Bahan lain yang bisa digunakan untuk membuat kue keju cokelat adalah telur, krim asam, gula icing, dan bahkan bubuk custard. Ini tergantung pada sifat kue keju cokelat yang dibuat dan resep yang diikuti.
Bahan kue keju panggang sedikit berbeda dari yang lebih dingin. Perbedaan utama adalah adanya tepung dan telur. Ini adalah bagian integral dari proses memanggang. Bahan kue keju lainnya yang digunakan untuk membuat kue keju panggang seperti kue keju New York termasuk ekstrak vanila dan terkadang baking powder.
Banyak jenis kue keju memiliki perasa tambahan. Ada dua jenis penyedap utama: yang ada di dalam kue keju dan yang diletakkan di atas kue keju. Banyak kue keju panggang Amerika cenderung memiliki karamel, cokelat, atau pusaran rasa buah di dalam campuran kue keju, memberikan efek marmer. Bahan cheesecake ini cukup sederhana campuran gula dan perasa buah atau coklat leleh.
Kue keju Inggris seperti kue keju Devonshire dan banyak lainnya juga memasukkan irisan buah ke kue keju yang sudah jadi. Jenis buah yang diletakkan di atas kue keju termasuk mangga, stroberi, raspberry dan jeruk kecil seperti clementine dan tangerine. Ini sering dikombinasikan dengan sirup buah dengan rasa yang sama dan gumpalan krim kocok. Pada dasarnya tidak ada batasan untuk kemungkinan bahan kue keju yang dapat diletakkan di atas kue keju; semua kembali ke selera.