Meskipun topping kue keju biasanya terdiri dari buah segar, pilihan populer lainnya termasuk berbagai jenis potongan atau potongan permen. Mereka yang lebih suka kacang cincang dapat menggunakan pecan, kenari, kacang mete atau kacang tanah untuk topping cheesecake. Cheesecake spesial terkadang dibuat dengan topping cheesecake dekoratif, seperti karamel yang diaduk menjadi desain mewah. Beberapa pembuat roti lebih suka menggunakan krim kocok dan gula segar untuk melapisi kue keju. Kue keju cokelat dapat diberi topping cokelat serut, saus cokelat, atau minuman keras yang rasanya manis.
Saat menyiapkan makanan penutup kue keju, beberapa orang lebih suka menambahkan stroberi yang dicelupkan ke cokelat, utuh atau diiris. Mereka yang lebih suka buah lain dapat menggunakan blueberry, ceri, raspberry dan nanas. Buahnya mungkin segar atau beku, dan sebagai tambahan, saus rasa buah atau isian pai dapat digunakan untuk topping kue keju. Beberapa kue keju gourmet termasuk topping yang dibuat dengan buah-buahan eksotis seperti kiwi, mangga atau pepaya. Topping kue keju juga bisa dibuat dengan buah persik, pisang, atau apel karamel.
Resep sederhana untuk topping cheesecake juga bisa dibuat dengan topping es krim karamel. Saus karamel dapat dicampur dengan kayu manis, saus apel, dan kacang cincang untuk topping kayu manis apel. Saus ini biasanya ditaburkan di atas kue keju dingin.
Pecinta cokelat mungkin lebih menyukai kepingan cokelat atau potongan semi-manis sebagai topping kue keju. Banyak restoran kelas atas dan toko roti gourmet sering menyajikan kue keju dengan serutan cokelat di atasnya. Selain itu, kue keju dapat didekorasi dengan permen cokelat keras, seperti varietas M&M yang populer. Untuk variasi manis, cokelat leleh atau saus cokelat bisa ditaburkan di atas kue keju. Bagi yang lebih suka alternatif susu atau dark chocolate, bisa menggunakan white chocolate untuk topping cheesecake.
Tidak jarang menemukan kue keju dengan minuman keras cokelat di beberapa toko roti gourmet. Cheesecake spesial ini dibuat dengan topping yang terdiri dari ekstrak vanilla, baking chocolate dan vodka, serta perasa lainnya. Coklat bubuk bisa diganti dengan coklat panggang.
Selama musim liburan, kue keju labu sering diberi sesendok krim kocok. Krim kocok mungkin adalah salah satu jenis topping kue keju yang paling dasar dan sederhana yang dapat digunakan untuk semua jenis kue keju. Untuk variasi, kayu manis dapat dicampur dengan krim kocok. Untuk menambahkan rasa manis ekstra, beberapa lebih suka membuat frosting dari krim kocok dan gula. Whipped cream rasa coklat adalah pilihan lain untuk topping cheesecake.