Ada berbagai macam topping bagel yang manis atau gurih, dan benar-benar dapat mengubah bagel menjadi makanan, apakah itu sarapan, makan siang, atau camilan cepat. Beberapa topping bagel yang paling umum dan mendasar adalah mentega dan keju krim. Orang lain suka membuat sandwich bagel, menggunakan selai kacang, daging deli dengan olesan, atau menu sarapan seperti telur dan keju. Selangkah lebih maju, bagel pizza juga populer, sering dibuat dengan saus marinara, keju leleh, dan topping pizza favorit lainnya. Di daerah tertentu, lox — sejenis salmon asap yang diiris tipis — juga menjadi favorit, sering disajikan dengan krim keju.
Topping bagel yang dipilih seseorang sebagian besar terkait dengan jenis bagel yang digunakan. Bagel polos atau gandum utuh memaafkan banyak topping yang berbeda, tetapi jenis tertentu seperti kismis kayu manis atau bagel bawang membatasi pilihan topping. Sebagai aturan umum, mentega dan keju krim akan terasa enak di hampir semua jenis bagel, menjadikannya beberapa topping bagel paling populer dan termudah untuk digunakan. Namun, banyak orang ingin sedikit lebih kreatif dengan topping mereka, dan senang mencoba kombinasi baru.
Selai kacang yang dioleskan polos di atas bagel bisa jadi topping yang enak. Agar-agar atau selai rasa juga bisa ditambahkan, dan beberapa orang juga suka menambahkan irisan pisang dengan selai kacangnya juga. Alternatif yang agak kurang umum adalah olesan cokelat-hazelnut yang bisa lezat dengan bagel polos atau kismis kayu manis. Lox adalah topping bagel lain yang sangat populer, dan sering disajikan dengan bawang bombay dan caper, serta krim keju. Meski terdengar lebih seperti makan siang, banyak orang menyukai topping gurih ini untuk sarapan.
Sandwich bagel adalah cara favorit untuk menyiapkan bagel bagi banyak orang. Sandwich sarapan, seperti telur dan keju yang dibuat dengan bacon, ham, atau sosis, bisa sangat lezat. Sandwich daging deli sederhana, atau tomat dan selada yang disajikan dengan olesan herbed, juga merupakan topping bagel yang enak. Bagel terbuka sederhana yang dibuat dengan keju leleh bisa menjadi camilan yang enak. Bagi mereka yang ingin sedikit lebih kreatif, bagel pizza yang diolesi saus tomat dan ditaburi keju, rempah-rempah, dan topping pizza lainnya seperti pepperoni, zaitun, atau irisan sayuran bisa menjadi makan siang yang enak, terutama untuk anak-anak.