Perangkat lunak perdagangan otomatis dapat diklasifikasikan menurut pasar yang diperdagangkan atau menurut jenis pengguna. Jenis pasar umum adalah saham, komoditas, dan mata uang. Pengguna adalah pedagang individu atau dana perdagangan besar. Pedagang individu sering menggunakan perangkat lunak ritel, dan dana mengembangkannya sendiri.
Dana perdagangan saham, mata uang, dan komoditas berjangka menggunakan algoritme yang telah mereka kembangkan dan masukkan ke dalam perangkat lunak perdagangan otomatis mereka. Mekanisme yang tepat dari algoritma ini dijaga dengan hati-hati. Dana perdagangan saham sering menggunakan apa yang disebut algoritma momentum, sering dikombinasikan dengan perdagangan pasangan. Algoritma momentum memanfaatkan perubahan harga jangka pendek dan volume tinggi. Pairs trading berarti memilih dua saham di sektor yang sama, kemudian membeli yang lebih kuat dan mempersingkat yang lebih lemah.
Dana perdagangan mata uang cenderung menggunakan algoritma berdasarkan deteksi harga dan ekspansi volatilitas dalam satu arah. Karakteristik distribusi harga pasar mata uang memungkinkan pendekatan ini berhasil, sedangkan dalam perdagangan saham itu marjinal. Perdagangan momentum digunakan dalam beberapa perangkat lunak perdagangan otomatis yang digunakan dana untuk memperdagangkan biji-bijian berjangka. Setidaknya satu dana menggunakan fisika dinamika fluida untuk memperdagangkan berjangka pasar saham.
Sebaliknya, perangkat lunak ritel cenderung menawarkan tampilan yang cantik di layar komputer, dikombinasikan dengan kemampuan untuk menempatkan beberapa pesanan secara bersamaan dengan menekan tombol layar, dan mengklaim bahwa ini adalah perangkat lunak perdagangan “otomatis”. Trader masih diharuskan untuk memantau pasar, memutuskan saham, futures, atau mata uang apa yang termasuk dalam keranjang yang diperdagangkan, dan kemudian memutuskan kapan harus memasuki perdagangan. Beberapa perangkat lunak ritel menawarkan antarmuka pengkodean yang dapat digunakan pedagang untuk menulis dan menguji algoritmenya sendiri.
Variasi lain dari perangkat lunak perdagangan otomatis ritel disebut sebagai perdagangan kotak hitam. Algoritme yang digunakan oleh perangkat lunak tidak diungkapkan kepada pembeli, dan seringkali dia tidak diberikan kesempatan yang sesuai untuk menguji apakah perangkat lunak tersebut benar-benar menguntungkan. Pembeli diminta untuk menerima dengan keyakinan bahwa perangkat lunak telah menguntungkan di masa lalu dan akan menguntungkan di masa depan. Sistem perdagangan kotak hitam ditawarkan untuk perdagangan saham, komoditas berjangka, dan mata uang.
Dana yang menggunakan perangkat lunak perdagangan otomatis mengujinya secara ekstensif. Mereka menggunakan pengujian bootstrap dan Monte Carlo untuk melihat apakah sistem tersebut menguntungkan di lab. Ketika mereka menemukan algoritme yang berhasil dalam rejimen pengujian mereka, mereka mengujinya secara real time. Perangkat lunak yang dihasilkan dana mengontrol semua aspek perdagangan: ini menentukan berapa banyak yang akan diperdagangkan, apa yang harus diperdagangkan, dan kapan harus berdagang, dan menempatkan pesanan langsung di bursa. Seorang pedagang individu perlu meniru strategi pengujian dana jika ia ingin memiliki prospek perdagangan yang menguntungkan.