Biodiesel merupakan sumber utama energi alternatif yang terbuat dari bahan baku yang “hijau” dan berkelanjutan. Keuntungan biodiesel adalah mengurangi ketergantungan pada bahan bakar fosil, menghasilkan lebih sedikit polusi dan terbarukan. Salah satu kelemahan bahan bakar biodiesel adalah banyaknya limbah yang dihasilkan. Limbah biodiesel terutama terdiri dari gliserol, juga dikenal sebagai gliserin, dan metanol, dengan sejumlah kecil pengotor lainnya. Meskipun gliserol tidak berbahaya dan berpotensi bermanfaat, limbah dari produksi biodiesel memiliki kemurnian rendah dan tidak dapat digunakan serta beracun dengan adanya metanol dan zat lainnya.
Pembuatan bahan bakar biodiesel melibatkan proses yang dikenal sebagai transesterifikasi di mana minyak nabati direaksikan dengan metanol, menggunakan natrium atau kalium hidroksida sebagai katalis, untuk menghasilkan campuran ester lemak yang terdiri dari bahan bakar biodiesel. Produk lain dari reaksi ini adalah gliserol. Biasanya, satu bagian gliserol diproduksi untuk setiap sepuluh bagian biodiesel. Dalam praktiknya, sebagian besar produsen biodiesel menggunakan metanol dua kali lebih banyak daripada yang pada prinsipnya diperlukan untuk reaksi, untuk memastikan bahwa semua minyak diubah. Oleh karena itu, gliserol yang tersisa mengandung sebagian besar metanol, dan sejumlah kecil sabun yang dihasilkan dari reaksi katalis dengan minyak nabati.
Metanol dapat diperoleh kembali dengan distilasi dan digunakan kembali; namun, gliserol yang tersisa masih akan mengandung sisa metanol dan kotoran lainnya. Memurnikan gliserol agar dapat dijual itu mahal, dan pada tahun 2011, begitu banyak gliserol diproduksi dengan cara ini sehingga sulit untuk menemukan pasarnya. Ini berarti bahwa produsen biodiesel dapat meninggalkan sejumlah besar gliserol berkualitas rendah untuk dibuang. Karena adanya kotoran beracun, itu tidak dapat dibuang, disebarkan di atas tanah atau dikubur di tempat pembuangan sampah, dan produsen mungkin harus membayar untuk mengambilnya.
Pemanfaatan limbah biodiesel memang menjadi tantangan tersendiri, namun hingga tahun 2011, sejumlah proposal telah diajukan. Salah satu idenya adalah menggunakan strain bakteri E. coli yang umum untuk mengubah gliserol limbah, melalui fermentasi, menjadi suksinat dan format — bahan kimia dengan berbagai aplikasi. Saran lain adalah menggabungkan limbah biodiesel dengan limbah biomassa dari pertanian untuk membuat bahan bakar padat — ini memiliki keuntungan menggunakan kembali dua produk limbah. Menggunakan limbah gliserol, dikombinasikan dengan produk biomassa lainnya, sebagai bahan baku untuk produksi busa poliuretan telah disarankan sebagai cara murah untuk membuat produk yang banyak digunakan ini. Eksperimen telah mengkonfirmasi bahwa jenis alga yang disebut Schizochytrium limacinum dapat mengubah gliserol mentah menjadi asam dokosaheksanoat (DHA), sejenis asam lemak tak jenuh ganda omega-3 dengan manfaat kesehatan yang diketahui bagi manusia – ini menghadirkan peluang lain untuk memanfaatkan limbah biodiesel dengan baik.