Pro dan kontra diet Atkins termasuk asupan karbohidrat dan lemaknya, terutama kandungan karbohidratnya yang rendah adalah pro dan kandungan lemak jenuhnya yang tinggi adalah kontra. Ukuran porsi besar yang diperbolehkan dalam diet dapat dilihat sebagai kelebihan karena pelaku diet tidak mungkin merasa lapar, tetapi kekurangannya adalah kelebihan protein kemungkinan akan dikonsumsi. Penurunan berat badan awal yang cepat dipandang sebagai pro tetapi kurangnya serat tampak sebagai kontra.
Diet yang rendah karbohidrat seperti rencana Atkins biasanya mengurangi banyak sumber lemak dan kalori sebelumnya dalam diet orang yang kelebihan berat badan, sehingga penurunan berat badan biasanya dialami sejak awal. Namun, seiring dengan kelebihan dan kekurangan diet Atkins ini, sering kali muncul kerugian bahwa hanya “berat air” yang hilang, sehingga mungkin tidak akan berhenti. Di sisi pro, penderita diabetes mungkin dapat mencapai kontrol gula yang lebih baik karena regulasi insulin lebih mudah dalam tubuh dengan diet rendah karbohidrat. Di sisi lain, penderita diabetes dan orang lain yang rentan terhadap sembelit mungkin lebih buruk karena makan cukup serat seringkali sulit bagi banyak orang yang menjalani diet Atkins. Karena sumber protein seperti daging tidak terbatas, pelaku diet dapat memilih porsi kedua dari makanan yang mengandung protein daripada memasukkan sayuran kaya serat dalam jumlah yang tepat sebagai bagian dari makanan mereka.
Karena karbohidrat harus dihindari sebanyak mungkin pada rencana Atkins, sumber serat gandum utuh juga tidak ditampilkan. Untuk menggantikan kekurangan biji-bijian, lebih banyak makanan berprotein seperti daging dan keju biasanya dikonsumsi oleh pelaku diet Atkins karena porsinya tidak terbatas. Tingginya jumlah makanan berprotein dari sumber hewani biasanya berarti berlimpahnya lemak jenuh yang terkait dengan kesehatan jantung yang buruk dan juga dapat mempengaruhi keadaan ginjal. Di sisi lain, karena karbohidrat tidak dianjurkan, pelaku diet Atkins tidak mengonsumsi banyak kalori dan lemak dari makanan “kosong” atau “sampah” seperti kentang goreng dan kue kering. Pro dan kontra diet Atkins lainnya menyangkut masalah nutrisi.
Jika pelaku diet Atkins makan porsi protein besar dan sayuran dalam jumlah yang lebih sedikit serta makanan biji-bijian yang sangat terbatas, kemungkinan kekurangan nutrisi penting. Banyak dokter dan ahli gizi menyarankan bahwa mengonsumsi multi-vitamin bukanlah pengganti yang baik dari mendapatkan nutrisi dari sumber makanan. Pro dan kontra diet Atkins sering kali memasukkan lebih dari cukup protein, zat besi dan kalsium, namun jumlah vitamin dan mineral lain yang dibutuhkan untuk kesehatan yang baik tidak mencukupi.