Ada beberapa pro dan kontra yang harus dipertimbangkan sebelum memutuskan pendidikan sekolah menengah alternatif. Kurikulum yang fleksibel, ukuran kelas yang lebih kecil, tingkat pembolosan yang lebih rendah, dan lingkungan stres yang rendah dapat memberikan lingkungan yang mendorong pembelajaran yang lebih baik. Kesulitan dalam menyesuaikan, mengurangi jumlah interaksi sosial, dan konotasi negatif yang terkait dengan pendidikan alternatif, bagaimanapun, dapat mempengaruhi kinerja siswa di luar kelas.
Pendidikan sekolah menengah alternatif dicirikan oleh kurikulum yang dimodifikasi yang tidak mengikuti kurikulum yang digunakan di sekolah menengah umum biasa. Kurikulum biasanya dapat disesuaikan agar sesuai dengan kecepatan belajar siswa, yang sangat menguntungkan bagi siswa berbakat dan mereka yang mengalami kesulitan belajar. Contohnya adalah sekolah piagam untuk anak berbakat, yang dibuat untuk mengembangkan bakat akademik dan seni siswa.
Ukuran kelas di sekolah menengah alternatif biasanya lebih kecil daripada sekolah rata-rata. Ini memungkinkan rasio guru dan siswa yang lebih rendah. Rasio yang lebih rendah memfasilitasi interaksi yang lebih besar antara guru dan siswa dan memberi guru kesempatan untuk sering menanggapi pertanyaan siswa. Siswa yang mengalami kesulitan berinteraksi dengan sejumlah besar teman sebaya dapat berkembang di sekolah alternatif. Selain itu, guru dapat lebih fokus untuk mengoreksi beberapa perilaku siswa yang salah yang biasanya diabaikan di kelas yang lebih besar.
Siswa dapat menikmati belajar di sekolah menengah alternatif karena lingkungannya yang relatif santai. Ketiadaan jumlah siswa yang banyak dan kurikulum yang ketat dapat menurunkan tingkat stres yang lebih kondusif untuk belajar. Pendidikan sekolah menengah alternatif juga menjaga siswa dari “jatuh melalui celah” dengan lebih menekankan pada pengembangan kekuatan siswa daripada mempertahankan nilai rata-rata tertentu. Siswa mengambil kesenangan dari belajar dan tingkat pembolosan menurun.
Di sisi lain, peralihan dari sekolah tradisional ke sekolah alternatif dapat membuat siswa kesal, terutama jika transisi dilakukan belakangan di sekolah menengah dan bukan di awal. Kelompok di mana siswa terbiasa tidak hadir, dan ini dapat mengakibatkan kesulitan penyesuaian. Hal ini juga berlaku ketika seorang siswa beralih dari sekolah menengah alternatif ke sekolah menengah biasa. Selain itu, kurangnya keragaman kelas di sekolah menengah alternatif juga dapat mempengaruhi bagaimana siswa bersosialisasi di masa depan.
Kerugian lain adalah stigma yang mungkin melekat pada siswa dari sekolah menengah alternatif. Pendidikan sekolah menengah alternatif biasanya ditawarkan sebagai upaya terakhir untuk siswa “berisiko” yang merasa sulit untuk berfungsi di lingkungan kelas rata-rata. Selain itu, seorang siswa yang lulus dari sekolah menengah alternatif mungkin memiliki waktu yang lebih sulit untuk melamar pekerjaan.