Dalam pendefinisian ulang gender dan seksualitas yang rumit, terminologi menjadi membingungkan dan mudah disalahgunakan. Waria dan waria adalah dua istilah yang sering digunakan sebagai sinonim, meskipun banyak orang berpendapat bahwa ini adalah kesalahan identifikasi. Sejumlah perbedaan ada di antara mereka yang mengidentifikasi diri mereka sebagai satu atau yang lain, meskipun definisi yang tepat dapat bervariasi dari orang ke orang.
Salah satu perbedaan utama dalam hal identifikasi gender. Gender, menurut banyak ahli, adalah definisi sosial daripada definisi biologis. Struktur sosial mengenai peran laki-laki dan perempuan adalah yang mendefinisikan gender, bukan definisi anatomis dan ilmiah yang mendefinisikan jenis kelamin seseorang. Pada dasarnya, pakaian yang dikenakan seseorang, produk kecantikan yang digunakannya, bahkan jenis aktivitas yang dinikmatinya, semuanya dapat digambarkan dari segi gender.
Waria dan waria biasanya memiliki ide yang berbeda tentang identifikasi gender. Waria biasanya tidak menunjukkan ketidaknyamanan dengan jenis kelamin yang ditentukan secara biologis. Pria waria ingin menjadi pria; wanita waria ingin menjadi wanita. Banyak waria memilih untuk mengadopsi kebiasaan berpakaian atau penampilan lawan jenis, sambil mempertahankan semua karakteristik fisik jenis kelamin mereka.
Sebaliknya, waria percaya bahwa mereka seharusnya atau benar-benar lawan jenis. Seorang transeksual dapat mengambil tindakan untuk membuat perubahan kimiawi atau anatomis pada tubuhnya agar lebih mirip dengan jenis kelamin yang diinginkannya. Suplemen hormon, seperti estrogen dan testosteron, sering digunakan oleh waria untuk menyebabkan perubahan kimia, seperti pertumbuhan rambut dan perubahan rentang vokal. Beberapa mungkin memilih untuk menjalani operasi penugasan ulang yang membuat tubuh tampak lebih seperti lawan jenis. Banyak waria menjalani kehidupan publik mereka sebagai lawan jenis, lebih suka dilihat sebagai jenis kelamin yang mereka inginkan, daripada yang ditentukan secara biologis.
Sering disarankan bahwa cross-dressing, seperti yang terlihat pada waria, merupakan indikator yang jelas dari orientasi homoseksual. Ini sama sekali tidak benar, meskipun beberapa waria adalah gay. Cross-dressing atau drag dapat dilakukan untuk sejumlah alasan, termasuk untuk kesenangan pribadi, seni pertunjukan, atau untuk membuat pernyataan politik atau sosial tentang peran gender atau aturan sosial.
Perbedaan utama antara waria dan waria adalah sejauh mana aktivitas transgender mereka meresapi gaya hidup mereka. Biasanya, mereka yang telah menjalani operasi pergantian akan hidup terbuka dan terus-menerus sebagai jenis kelamin pilihan mereka. Waria akan sering membatasi kegiatan transgender mereka pada bagian-bagian tertentu dari kehidupan mereka, tetap dalam peran gender tradisional sebagian besar waktu.
Sejak munculnya gerakan hak-hak perempuan dan hak-hak gay, peran gender tradisional dipertanyakan oleh banyak masyarakat. Dalam beberapa budaya, peran gender jauh lebih spesifik dan mereka yang menunjukkan sifat fisik atau emosional dari keduanya sering dianggap perdukunan atau memiliki kekuatan khusus. Sementara di masyarakat Barat, aktivitas dan pilihan transgender tetap sering disalahpahami dan diremehkan, sejauh mana individu dapat mengekspresikan pikiran dan preferensi mereka jauh lebih besar daripada di masa lalu.