Beberapa perbedaan antara muffin dan cupcakes adalah kepadatan, frosting, dan makanan apa yang dipanggang di dalamnya. Kepadatannya bervariasi antara muffin dan cupcakes, tetapi muffin hampir selalu lebih padat karena tambahan tepung yang ditambahkan. Selain itu, cupcakes biasanya memiliki frosting sedangkan muffin tidak. Perbedaan lain antara keduanya adalah bahwa muffin dapat berisi makanan seperti sayuran dan bahkan daging, yang biasanya tidak dimiliki oleh cupcakes. Namun, garis antara kedua item ini bisa kabur, terutama dengan koki modern yang tidak takut melanggar aturan memasak standar.
Satu perbedaan utama antara muffin dan cupcakes adalah bahwa muffin didefinisikan sebagai roti, sedangkan cupcakes didefinisikan sebagai kue kecil. Muffin umumnya memiliki lebih banyak tepung daripada cupcakes, yang membuatnya lebih padat. Bahkan jika semua bahan lainnya sama, kepadatan muffin akan menonjol, meskipun penampilannya serupa. Terkadang cupcake dibuat lebih padat dari biasanya, tetapi biasanya tidak mendekati kepadatan muffin. Selain itu, muffin biasanya setidaknya sedikit lebih besar dari cupcake, sedangkan ukuran cupcake umumnya standar atau mini.
Perbedaan lain antara muffin dan cupcakes adalah cupcakes biasanya buram. Pembekuan sering kali manis atau terkadang gurih, tetapi hampir selalu ada pada kue mangkuk. Di sisi lain, muffin biasanya tidak memiliki frosting. Mereka biasanya dimakan polos atau dengan mentega, buah yang diawetkan, atau bumbu lainnya. Saat muffin dibekukan, bahan yang lebih bergizi sering digunakan, dibandingkan dengan frosting yang ditujukan untuk kue mangkuk yang berorientasi makanan penutup.
Cupcake biasanya tidak memiliki tambahan selain permen yang dipanggang sesekali dan frosting yang menutupi kue. Muffin, di sisi lain, sering mengandung buah, sayuran, atau berbagai makanan hangat lainnya. Tidak seperti cupcakes, muffin sering dirancang untuk mengisi daripada makanan penutup yang ditawarkan di akhir makan. Secara umum, cupcakes dirancang untuk menjadi makanan penutup, sedangkan muffin dapat dimaksudkan sebagai makanan penutup atau bahan makanan biasa.
Terkadang garis antara muffin dan cupcakes agak kabur. Muffin bisa dimaniskan, dan terkadang cupcakes lebih gurih dari biasanya. Terkadang muffin dibuat dengan tepung lebih sedikit dari biasanya, dan kue mangkuk mungkin lebih padat dari biasanya. Beberapa orang mengalami kesulitan untuk membedakan muffin dan cupcakes saat keduanya dibekukan.