Biaya agen perjalanan termasuk biaya yang dibayarkan baik oleh konsumen maupun agen perjalanan itu sendiri. Banyak agen perjalanan membebankan biaya pelanggan untuk mengimbangi biaya pemesanan produk perjalanan yang tidak membayar komisi serta untuk waktu dan biaya melakukan penelitian perjalanan atau berkomunikasi dengan vendor untuk mengatur akomodasi khusus. Selain biaya konsumen, agen perjalanan sendiri dapat membayar biaya dalam bentuk komisi terpisah dengan agen tuan rumah, biaya keanggotaan agen tuan rumah, atau biaya waralaba. Agen juga dapat membayar keanggotaan dan biaya pemrosesan kartu kredit kepada organisasi perjalanan profesional.
Dalam kebanyakan kasus, agen perjalanan akan mendapatkan sebagian besar pendapatannya melalui komisi yang dibayarkan oleh vendor layanan perjalanan seperti hotel dan jalur pelayaran. Namun, beberapa vendor perjalanan tidak membayar komisi kepada agen perjalanan jika ia memesan perjalanan atas nama kliennya. Karena ini merupakan potensi kerugian bagi agen, banyak yang membebankan biaya agen perjalanan kepada konsumen untuk setiap pemesanan tanpa komisi yang harus dilakukan agen perjalanan. Misalnya, sebagian besar maskapai penerbangan komersial tidak lagi membayar komisi agen perjalanan, sehingga banyak agen perjalanan sekarang membebankan sedikit biaya kesopanan untuk setiap tiket pesawat yang dipesan.
Banyak konsumen diharapkan membayar biaya agen perjalanan saat memesan pengaturan perjalanan yang sangat rumit, terutama jika pengaturan tersebut memerlukan penelitian yang signifikan dari pihak agen perjalanan. Beberapa pelancong memilih untuk mengunjungi destinasi eksotis atau merencanakan perjalanan jauh ke beberapa tempat berbeda. Jenis perjalanan ini mungkin memerlukan upaya agen perjalanan profesional untuk menentukan persyaratan visa, memesan akomodasi berkualitas dan mengatur transportasi lokal. Karena ini dapat memerlukan beberapa jam kerja, beberapa agen perjalanan akan meminta konsumen membayar biaya agen perjalanan untuk menutupi waktu yang dihabiskan untuk perencanaan perjalanan. Selain itu, pelanggan juga diharapkan untuk menanggung semua biaya yang dikeluarkan oleh agen perjalanan selama proses penelitian dan pemesanan.
Agen perjalanan dan agen perjalanan mungkin juga diharuskan membayar berbagai jenis biaya. Agen perjalanan independen sering kali bekerja dengan agen tuan rumah yang menyediakan dukungan teknologi, akses ke vendor perjalanan, dan pertanggungan tanggung jawab kepada agen individu. Agen dapat membayar berbagai biaya kepada agen tuan rumah mereka untuk menutupi biaya layanan yang mereka terima. Agen ini mungkin juga diminta untuk membagi komisi mereka dengan agen tuan rumah. Agen sendiri dapat memilih untuk berpartisipasi dalam berbagai program sertifikasi profesional atau memanfaatkan layanan pemrosesan kartu kredit yang ditawarkan oleh asosiasi industri. Dalam kedua kasus tersebut, agensi akan membayar satu atau lebih jenis biaya kepada organisasi yang menyediakan layanan ini.