Antiseptik dan antibiotik sering diyakini sama karena sifatnya yang sama, tetapi ada beberapa perbedaan utama yang membedakan keduanya. Biasanya, antiseptik melemahkan dan memperlambat pertumbuhan bakteri dan mikroorganisme lainnya, yang pada gilirannya membantu mencegah bakteri menyebabkan infeksi lebih lanjut. Antibiotik, bagaimanapun, sebenarnya membunuh bakteri serta beberapa jenis jamur dan parasit. Tidak seperti kebanyakan antiseptik, bakteri dapat menjadi resisten terhadap antibiotik setelah digunakan dalam waktu lama. Beberapa antiseptik dapat menghambat proses penyembuhan dan memperburuk kondisi luka.
Salah satu perbedaan utama antara antiseptik dan antibiotik adalah cara kerjanya melawan bakteri dan mikroorganisme lainnya. Antiseptik hanya memperlambat pertumbuhan bakteri alih-alih membunuhnya. Tidak seperti antibiotik, bagaimanapun, antiseptik juga efektif pada mikroorganisme lain, sehingga berpotensi bermanfaat dalam memerangi infeksi lain. Antibiotik memang membunuh bakteri, tetapi diyakini tidak efektif terhadap banyak jenis infeksi lainnya. Dipercaya bahwa antibiotik dapat melawan parasit dan jamur tertentu di dalam tubuh, tetapi biasanya memerlukan resep karena dianggap lebih kuat.
Perbedaan penting antara antiseptik dan antibiotik adalah bahwa bakteri cenderung mengembangkan kekebalan terhadap antibiotik tertentu setelah penggunaan jangka panjang atau jika terapi antibiotik tidak selesai. Tidak dapat dipastikan bahwa bakteri memiliki reaksi yang sama dengan penggunaan antiseptik yang diperpanjang. Untuk mencegah kekebalan terhadap antibiotik, seorang profesional kesehatan dapat merekomendasikan untuk menyelesaikan terapi antibiotik sepenuhnya untuk memastikan semua bakteri telah terbunuh atau menggunakan antibiotik yang berbeda untuk penyakit tertentu.
Jenis antiseptik tertentu juga dapat menghambat penyembuhan dan mengiritasi kulit dan seringkali memerlukan metode penggunaan tertentu. Misalnya, hidrogen peroksida mungkin mengharuskan area tersebut benar-benar kering sebelum perban digunakan, sedangkan fenol dapat menyebabkan kerusakan lebih lanjut pada kulit jika perban digunakan. Tidak ada efek samping serupa yang diketahui dari antibiotik. Karena itu, jika ada pilihan untuk memilih antara antiseptik dan antibiotik untuk mengobati luka kulit, umumnya disarankan menggunakan krim antibiotik.
Karena fungsi antiseptik yang terbatas, mereka biasanya digunakan secara topikal untuk mencegah lebih banyak bakteri dan mikroorganisme lain memasuki luka terbuka, tetapi beberapa antiseptik oral memang ada. Ada beberapa kasus yang jarang terjadi di mana antiseptik dan antibiotik dapat menjadi pilihan untuk mengobati infeksi yang sama, seperti infeksi saluran kemih tertentu. Dalam hal ini, tingkat keparahan dan jenis infeksi saluran kemih dapat menentukan pengobatan yang tepat. Antibiotik terutama diambil secara oral, biasanya dalam bentuk penisilin, untuk membunuh infeksi di dalam tubuh. Ada beberapa antibiotik yang dapat diambil secara topikal, dan seperti antibiotik oral, mereka biasanya memerlukan resep.