Baik spyware maupun virus merusak perangkat lunak komputer atau file yang dikenal sebagai malware, tetapi penyebarannya berbeda. Perbedaan penting antara spyware komputer dan virus adalah bahwa spyware mengintai aktivitas komputer, sering kali mengirimkan informasi tentang pengguna ke pihak ketiga, sedangkan virus tidak. Perbedaan penting lainnya adalah bahwa tidak seperti spyware, virus sering membuat salinan dirinya sendiri dan mencoba menggunakan satu komputer untuk menyebarkan virus ke komputer lain. Meskipun keduanya dapat mempengaruhi operasi komputer secara negatif, spyware jarang berusaha merusak sistem, sementara virus sering kali menyebabkan kerusakan yang jauh lebih lama.
Spyware dan virus keduanya biasanya dimuat ke komputer tanpa pengguna sadari dan dijalankan tanpa sepengetahuan atau persetujuan pengguna. Modus khas pengiriman spyware dalam bundel dengan file atau program lain yang pengguna komputer memilih untuk men-download. Spyware menyelinap ke sistem pengguna bersama dengan materi yang diinginkan. Virus, bagaimanapun, paling sering menyebar sebagai lampiran email atau melalui pesan instan, meskipun mereka juga dapat disembunyikan dalam materi yang diunduh.
Meskipun keduanya dapat membahayakan komputer, perbedaan lain antara spyware dan virus terletak pada tujuan utama malware. Spyware dirancang dengan tujuan merekam aktivitas pengguna komputer dan menyampaikan informasi tersebut kepada pihak ketiga. Itu dapat melacak kebiasaan penggunaan komputer seseorang dan mengirimkan informasi ke pengiklan dan orang lain. Penggunaan lain yang lebih berbahaya dapat mencuri informasi pribadi seperti alamat email, kata sandi, nomor kartu kredit, dan data pribadi penting lainnya dan mengirimkannya ke peretas atau pencuri identitas.
Tujuan utama dari virus adalah untuk menyalin dan menyebarkan dirinya sendiri. Ini akan sering mereplikasi dirinya sendiri beberapa kali, sehingga menghabiskan sumber daya komputer dan menyebabkan sistem gagal. Taktik virus umum lainnya adalah mengakses buku alamat email pengguna komputer dan mengirim salinannya sendiri ke semua alamat. Mungkin juga mencoba menggunakan metode transmisi lain di mana satu komputer berkomunikasi dengan komputer lain seperti dalam layanan berbagi file dan pesan instan. Spyware tidak membuat salinan dirinya sendiri atau mengirimkan dirinya ke komputer lain menggunakan sistem yang terinfeksi.
Perbedaan lain antara spyware dan virus melibatkan maksud dari pembuatnya. Pembuat spyware biasanya ingin mengumpulkan informasi yang akan digunakan untuk berbagai tujuan. Spyware membutuhkan sistem operasional untuk mencapai hal ini sehingga jarang membahayakan komputer, meskipun menggunakan sumber daya komputer dan dapat membuatnya berjalan lebih lambat. Virus sering ditulis dengan tujuan yang lebih merusak, dan seringkali membuat sistem dan jaringan komputer tidak dapat digunakan. Setelah mereka menyebar sendiri, virus sering kali menyebabkan kerusakan permanen pada sistem operasi dan perangkat keras.