Ada sejumlah perbedaan antara obat resep dan obat bebas, seperti yang dapat dibuktikan oleh siapa saja yang pernah mengunjungi ruang gawat darurat atau dokter keluarga. Obat yang dijual bebas biasanya ditujukan untuk penyakit ringan seperti gangguan pencernaan, sakit kepala atau batuk, sedangkan obat resep dapat digunakan untuk mengobati penyakit utama seperti diabetes, kanker, atau penyakit jantung, misalnya. Obat-obatan non-resep biasanya tidak diformulasikan sekuat obat yang diresepkan, meskipun ini tidak selalu mencerminkan keefektifannya.
Salah satu perbedaan antara kedua jenis obat tersebut adalah aksesnya. Hanya profesional medis yang memenuhi syarat dan berlisensi yang dapat memesan obat resep untuk pasien mereka, dan hanya apoteker yang memenuhi syarat yang dapat memenuhi pesanan tersebut. Namun, obat-obatan yang dijual bebas tidak memerlukan pesanan dokter, dan banyak yang dapat dibeli di gerai selain apotek. Obat yang diresepkan ditujukan untuk pasien tertentu, dan tidak dapat dibagikan secara legal dengan orang lain. Obat-obatan yang tidak diresepkan, bagaimanapun, dapat diberikan kepada teman, rekan kerja atau anggota keluarga yang menderita penyakit yang sama, selama petunjuk dosis yang tepat diikuti.
Perbedaan lain antara kedua obat adalah formulasi. Obat-obatan yang diresepkan biasanya diformulasikan untuk kekuatan terapeutik agar dokter dapat memberikan perawatan yang agresif. Penggunaan obat-obatan ini secara tidak sah dapat berakhir dengan tragedi, karena ada sejumlah interaksi obat yang harus dipertimbangkan sebelum pasien menerima obat tersebut. Obat-obatan yang tidak diresepkan, di sisi lain, umumnya diformulasikan dengan kekuatan yang dianggap “aman dan efektif” oleh Food and Drug Administration (FDA). Jika petunjuk dosis diikuti dengan benar, banyak obat-obatan non-resep dapat digunakan bersama-sama tanpa takut interaksi berbahaya atau overdosis.
Biaya adalah perbedaan lain antara banyak obat-obatan ini. Hampir semua formulasi obat resep dilindungi oleh undang-undang paten selama beberapa tahun, yang berarti perusahaan obat yang bertanggung jawab untuk membuat obat resep dapat menetapkan harga obat eksklusif mereka sesuai dengan itu. Hanya satu produsen obat yang dapat membuat resep obat tidur yang disebut Ambien®, misalnya, meskipun obat lain dapat mencapai tujuan yang sama. Namun, sebagian besar formula obat bebas bukan lagi rahasia kepemilikan, sehingga sejumlah perusahaan dapat memproduksi aspirin atau sirup obat batuk dan bersaing secara berdampingan di rak-rak toko.
Obat-obatan yang diresepkan juga tercakup dalam banyak rencana asuransi, yang berarti pasien hanya membayar sedikit yang dapat dikurangkan untuk manfaat obat resep yang mahal. Obat-obatan yang tidak diresepkan jarang dilindungi oleh asuransi, yang berarti konsumen harus membayar seluruh harga pasar untuk obat-obatan tersebut. Beberapa obat-obatan non-resep, terutama yang dulu hanya tersedia dengan resep dokter, bisa jadi cukup mahal, meskipun sebagian besar obat-obatan yang dijual bebas untuk penyakit rutin umumnya tidak mahal. Sementara obat yang diresepkan mungkin atau mungkin tidak memiliki versi generik yang lebih murah, obat non-resep yang diproduksi oleh perusahaan yang diakui seperti Bayer mungkin harus bersaing dengan merek toko yang lebih murah atau obat serupa yang diproduksi oleh perusahaan yang kurang dikenal.