Metronidazol dan klindamisin keduanya merupakan antibiotik tetapi memiliki perbedaan dalam cara kerjanya, efek sampingnya, dan jenis infeksi yang biasanya diobati. Meskipun keduanya merupakan antibiotik, metronidazol efektif untuk infeksi yang disebabkan oleh bakteri anaerob dan berbagai protozoa parasit. Klindamisin efektif untuk infeksi bakteri aerob dan anaerob dan protozoa yang menyebabkan malaria. Metronidazol mengganggu fungsi seluler tertentu, menyebabkan kematian bakteri atau parasit. Clindamycin tidak membunuh bakteri, melainkan menghentikannya berkembang biak.
Kedua obat tersebut tersedia dalam bentuk oral dan topikal. Metronidazol hadir dalam bentuk tablet, kapsul, krim, lotion, gel dan injeksi. Selain bentuk-bentuk ini, klindamisin juga hadir dalam suspensi oral, busa topikal dan dalam larutan untuk perawatan jerawat. Kombinasi klindamisin dan obat lain juga digunakan untuk pengobatan jerawat.
Clindamycin diresepkan untuk infeksi bakteri yang parah. Antibiotik ini mengobati infeksi pada kulit, darah, organ dalam dan infeksi lainnya. Klindamisin juga digunakan untuk infeksi gigi atau untuk mencegah infeksi jantung pada pasien tertentu yang menjalani prosedur gigi. Metronidazol melawan infeksi bakteri anaerob di paru-paru, usus, sendi dan organ pencernaan. Selain itu, digunakan untuk mengobati penyakit yang disebabkan oleh protozoa seperti amuba dan Giardia.
Efek samping metronidazol dan klindamisin memiliki beberapa kesamaan, tetapi juga beberapa perbedaan penting. Semua antibiotik dapat menyebabkan gangguan pada flora bakteri menguntungkan usus. Hal ini dapat menyebabkan diare dan kram usus. Clindamycin, bagaimanapun, telah dikaitkan dengan kondisi usus yang parah yang disebabkan oleh bakteri resisten obat. Pertumbuhan berlebih dari bakteri resisten selama dan setelah perawatan dapat menyebabkan kondisi yang berpotensi mematikan dalam kasus yang jarang terjadi.
Baik metronidazol dan klindamisin umumnya menyebabkan diare ringan, mual dan muntah. Efek samping metronidazol diperburuk dengan penggunaan alkohol dan dapat menyebabkan mabuk parah. Efek samping umum lainnya dari metronidazol termasuk rasa logam di mulut, sakit kepala dan kehilangan nafsu makan. Orang tidak boleh langsung berbaring setelah mengonsumsi klindamisin karena dapat menyebabkan mual, mulas, atau diare. Disarankan agar pasien memberi tahu penyedia layanan kesehatan mereka tentang gejala yang tidak biasa atau parah saat minum obat.
Setidaknya satu studi menyimpulkan bahwa metronidazol dan klindamisin menunjukkan perbedaan resistensi bakteri selama pengobatan vaginosis bakteri pada wanita. Kedua kelompok studi menggunakan preparat vagina metronidazol atau klindamisin. Para peneliti menemukan ada resistensi bakteri yang lebih signifikan terhadap klindamisin pada wanita yang dirawat karena vaginosis bakteri, terutama setelah pengobatan. Ada insiden resistensi bakteri yang sangat rendah terhadap metronidazol. Mereka menemukan peningkatan konsentrasi Escherichia coli pada kelompok yang diobati dengan klindamisin tetapi peningkatan Lactobacillus yang bermanfaat pada wanita yang diobati dengan metronidazol setelah pengobatan selesai.