Meskipun loratadine dan cetirizine adalah jenis antihistamin, mereka masing-masing merupakan senyawa kimia berbeda yang mengobati gejala alergi dengan cara yang berbeda. Kedua obat ini diberikan untuk jenis alergi yang sama, dan keduanya efektif terhadap bersin, hidung gatal, dan mata berair dan tidak efektif terhadap gejala seperti gatal-gatal dan reaksi alergi sistemik. Terlepas dari kesamaan dalam efek obat-obatan ini, komposisi kimianya berbeda dan akibatnya, mereka memiliki efek yang berbeda pada pasien yang meminumnya.
Secara molekuler, zat-zat ini disusun dengan cara yang berbeda. Loratadine terdiri dari 22 atom karbon, 23 atom hidrogen, dua atom nitrogen, dua atom oksigen, dan satu atom klorin. Atom-atom ini tersusun menjadi molekul yang memiliki jumlah cabang berbeda. Cetirizine terdiri dari 21 atom karbon, 25 atom hidrogen, tiga atom oksigen, dua atom nitrogen dan satu atom klorin yang disusun menjadi rantai panjang dan terhubung dengan dua molekul hidroklorida. Meskipun bahan penyusunnya serupa, susunan molekul ini memungkinkan mereka untuk melawan gejala alergi dengan cara yang berbeda.
Salah satu perbedaan utama antara loratadine dan cetirizine adalah jenis efek samping yang mungkin dialami pasien saat meminumnya. Sementara mulut kering dan ketidaknyamanan gastrointestinal terlihat dengan penggunaan kedua obat ini, loratadine juga diketahui menyebabkan sakit kepala, sariawan, gugup, dan gelisah. Cetirizine, di sisi lain, dapat menyebabkan kantuk yang mungkin parah pada beberapa pasien. Mungkin juga pasien yang memakai cetirizine mengalami kesulitan bernapas, efek samping yang biasanya tidak terlihat pada pasien yang memakai loratadine kecuali pasien mengalami anafilaksis.
Perbedaan lain antara loratadine dan cetirizine adalah cara pemberian masing-masing obat. Orang dewasa biasanya diberi dosis 10 miligram sekali sehari dari salah satu obat ini, sementara anak-anak di atas usia dua tahun sering diberikan setengah dari jumlah itu. Tidak ada dosis loratadine yang ditetapkan untuk anak-anak di bawah dua tahun, sedangkan anak-anak antara usia enam bulan dan dua tahun dapat dengan aman mengonsumsi 2.5 miligram cetirizine.
Efek jangka panjang dari loratadine dan cetirizine dosis tinggi juga berbeda. Dalam tes laboratorium, cetirizine tidak meningkatkan risiko kanker atau menurunkan kesuburan, bahkan jika diberikan dengan dosis jauh di atas dosis maksimum yang direkomendasikan. Namun, dosis loratadine yang sangat tinggi memang menyebabkan peningkatan risiko kanker, serta penurunan kesuburan pria.