Meskipun Linux® dan Windows® keduanya merupakan sistem operasi yang dirancang untuk digunakan pada komputer pribadi, ada banyak perbedaan di antara keduanya. Perbedaan utama antara Linux® dan Windows® adalah ketersediaan kodenya. Linux® beroperasi di bawah Lisensi Publik GNU, artinya kode sumbernya dapat diakses oleh siapa saja yang ingin memeriksa atau mengubahnya. Seseorang harus entah bagaimana terhubung ke Microsoft, perusahaan yang memproduksi Windows®, untuk melihat kode untuk sistem operasi itu.
Perbedaan utama lainnya antara Linux® dan Windows® adalah jumlah versi yang tersedia. Microsoft adalah satu-satunya perusahaan yang memproduksi sistem operasi Windows®, sementara beberapa produsen membuat versi Linux®. Seseorang yang memutuskan untuk menginstal Linux® di komputernya dapat memilih dari Red Hat, Ubuntu, Debian, dan berbagai perusahaan lainnya.
Ketersediaan pembaruan juga bervariasi antara Linux® dan Windows®. Versi baru Windows® cenderung keluar setiap beberapa tahun, karena Windows 98® menggantikan Windows 95®, dan Windows Vista® pada tahun 2006 menggantikan XP®, yang dirilis pada tahun 2001. Versi baru Linux®, yang dikenal sebagai distribusi, cenderung untuk keluar setiap setengah tahunan. Alih-alih membeli sistem operasi yang sama sekali baru, pengguna Linux® biasanya dapat memilih untuk mengunduh dan menginstal distribusi baru dari manajer pembaruannya. Menginstal Linux® dan distribusi barunya biasanya gratis.
Menginstal distribusi baru dari manajer pembaruan mempertahankan file dan preferensi seseorang. Seseorang yang menggunakan Windows® dan perlu memutakhirkan juga biasanya dapat menyimpan file dan datanya dengan memutakhirkan dari satu versi ke versi lainnya. Namun, peningkatan sederhana tidak selalu memungkinkan. Dalam beberapa kasus, pengguna mungkin perlu menghapus sepenuhnya versi Windows® yang lebih lama dan kemudian menginstal yang baru, yang mengakibatkan hilangnya data.
Penanganan ancaman keamanan berbeda di Linux® dan Windows®. Karena Linux® adalah open source dan siapa pun dapat mengakses kode untuk memperbaikinya, masalah keamanan teratasi dan kode baru dirilis secara lebih teratur daripada untuk Windows®. Windows® biasanya merilis perbaikan bug dan patch keamanan setiap bulan dan cenderung membutuhkan waktu lebih lama untuk menyelesaikan masalah. Tingkat perbaikan yang lebih lambat untuk pelanggaran keamanan memberi peretas dan orang lain dengan niat jahat jendela yang lebih besar untuk menyerang komputer yang tidak menaruh curiga.
Linux® dan Windows® juga berbeda dalam cara menyajikan data kepada pengguna. Sementara kedua sistem operasi memungkinkan pengguna untuk memilih antara antarmuka baris perintah dan apa yang disebut antarmuka pengguna grafis (GUI), antarmuka baris perintah hanya menampilkan teks dan mungkin akrab bagi pengguna Windows® sebagai MS-DOS. GUI adalah desktop, dengan ikon dan gambarnya, yang dikenal banyak pengguna komputer. Linux® cenderung memiliki lebih banyak opsi bagi penggunanya untuk GUI dan baris perintah.