Salah satu perbedaan paling jelas antara cognac dan wiski adalah bahwa pembuat cognac menggunakan anggur, dan pembuat wiski menggunakan biji-bijian. Meskipun kedua proses menggunakan fermentasi untuk membuat minuman keras, pembuat cognac menggunakan proses distilasi ganda. Peraturan pemerintah mengharuskan pembuat cognac membuat minuman keras hanya di wilayah Cognac di Prancis, hanya menggunakan spesies anggur tertentu. Pembuat wiski bebas membuat wiski di banyak negara, dan beberapa negara, seperti Irlandia dan Amerika Serikat, terkenal dengan wiski mereka.
Seperti banyak makanan, cognac dan wiski memiliki sejarah panjang pengembangan dan penyempurnaan. Cognac berbeda dari minuman keras berbasis buah lainnya karena pembuat anggur menyaringnya dua kali dan menuanya dalam tong kayu ek. Distilasi ganda, yang disebut distilasi charentaise, menghasilkan minuman yang tidak terlalu keras. Cognac yang dikirim dalam tong kayu ek, atau tong, lebih beraroma dan lebih halus karena lama disimpan di tong di kapal dan di gudang.
Demikian pula, orang Irlandia dan Skotlandia harus berimprovisasi saat membuat minuman keras dan membuat wiski. Kelangkaan anggur di pulau-pulau tersebut mendorong terciptanya minuman keras berbahan dasar biji-bijian. Mereka menggunakan biji-bijian yang tersedia, dan seiring waktu prosesnya disempurnakan untuk memasukkan penuaan dalam tong. Penuaan cairan fermentasi dalam tong kayu ek biasa terjadi pada cognac dan wiski. Di beberapa daerah, termasuk Irlandia, orang menggunakan kata wiski; di Amerika Serikat dan daerah lain, minuman ini disebut wiski.
Pembuat cognac memfermentasi jus anggur selama sekitar lima hari sebelum distilasi pertama. Setelah penyulingan kedua, pembuat menyegel cognac dalam tong. Biasanya, mereka mencantumkan usia cognac sebagai Sangat Istimewa (VS), yang berarti minimal dua tahun dalam tong; Sangat Istimewa Tua Pucat (VSOP), yaitu empat tahun atau lebih; atau Extra Old (XO), yang disimpan dalam tong lebih dari enam tahun. Beberapa pembuat cognac menua produk mereka selama lebih dari 20 tahun.
Sebaliknya, pembuat wiski menyaring tumbuk biji-bijian hanya sekali dan mencantumkan usia dalam tahun. Misalnya, label mungkin mengatakan wiski 12 tahun. Beberapa usia yang umum adalah lima, 10 dan 15 tahun. Kesamaan antara cognac dan wiski adalah bahwa penikmat menilai usia masing-masing dengan jumlah waktu yang dihabiskan di tong, bukan di botol.
Perbedaan lain antara cognac dan wiski adalah bahwa pembuat cognac hanya menggunakan jus dari anggur pilihan, tetapi tidak dengan buah lainnya. Umumnya, pembuat wiski menggunakan jelai sebagai bahan dasar, tetapi dapat juga menggunakan biji-bijian lain. Biji-bijian ini termasuk gandum hitam dan gandum hitam malt, gandum, dan jagung. Seringkali pembuat wiski menggabungkan biji-bijian, seperti wiski bourbon, yang menampilkan jagung sebagai lebih dari setengah biji-bijian.