Perbedaan utama antara antibodi dan protein adalah, sementara semua antibodi adalah protein, tidak semua protein adalah antibodi. Protein adalah kategori umum molekul besar yang berfungsi sebagai unit struktural dan fungsional untuk semua organisme hidup di Bumi. Mereka juga merupakan gudang 20 molekul asam amino esensial pada tumbuhan dan hewan yang diperlukan untuk kelangsungan hidup manusia, tetapi tubuh manusia tidak dapat memproduksinya sendiri dari prekursor kimia lainnya. Antibodi adalah jenis khusus protein berbentuk Y yang bertindak sebagai bagian dari sistem kekebalan, yang mengandung situs reseptor pengikat khusus untuk situs antigen pada virus dan bakteri, dari mana organisme tersebut mereproduksi diri mereka sendiri. Ketika antibodi hadir dalam jumlah yang signifikan, mereka menghambat reproduksi virus dan bakteri dalam tubuh dengan mengikat antigen, dan memicu respons imun lainnya untuk memastikan kesehatan juga.
Fitur kunci lain dari antibodi dan protein yang berperan penting dalam fungsinya adalah bagaimana molekul dilipat, atau dibentuk, karena ini memengaruhi kemampuan mereka untuk mengikat molekul lain dan berinteraksi dengan baik di lingkungan seluler. Sementara antibodi dan protein dapat memiliki struktur kimia yang berbeda, arsitektur lipatannya dapat serupa dalam beberapa kasus, yang secara langsung memengaruhi peran yang dimainkannya pada satu waktu di dalam tubuh. Basis data saat ini pada 2011 telah mengidentifikasi hanya sejumlah terbatas pola lipatan aktual yang terjadi di alam, meskipun, secara teoritis, mungkin ada jutaan kombinasi yang berbeda. Diperkirakan ada antara 1,233 dan 1,393 pola lipatan untuk antibodi dan protein. Semua antibodi mengambil bentuk Y yang unik, bagaimanapun, dengan situs reseptor asam amino spesifik di bagian atas Y, di mana kedua cabang wilayah ini dapat mengikat dua antigen terpisah secara bersamaan untuk menonaktifkannya.
Perbedaan utama antara antibodi dan protein juga terletak di daerah asalnya. Sementara sintesis protein adalah hasil alami dari menggabungkan urutan asam amino dalam berbagai jenis sel dari asam deoksiribonukleat (DNA), antibodi memiliki metode produksi yang lebih terbatas. Antibodi sering disebut sebagai imunoglobulin karena peran pengikatannya dalam sistem kekebalan dan molekul ini biasanya hanya diproduksi oleh limfosit B atau struktur sel B, juga dikenal sebagai sel darah putih atau sel plasma, yang terletak di sumsum tulang.
Klasifikasi umum untuk antibodi dan protein juga bervariasi. Sementara setidaknya ada 100 jenis molekul protein yang berbeda dan mereka melayani banyak fungsi molekuler mulai dari memfasilitasi aktivitas motorik hingga katalisis DNA, antibodi bersifat monoklonal atau poliklonal. Antibodi monoklonal hanya mampu mengikat satu antigen spesifik dan diproduksi secara alami di dalam tubuh sebagai respons terhadap penyerbu asing. Antibodi poliklonal, di sisi lain, diambil dari darah hewan yang diimunisasi, dan dapat direkayasa untuk menempel pada berbagai antigen.
Organisme secara alami merangsang produksi antibodi untuk melindungi diri dari infeksi, tetapi ilmu kedokteran juga sangat terlibat dalam menciptakan antibodi penelitian, dan daftar katalog antibodi yang besar sekarang ada di mana laboratorium dapat memesan antibodi yang mereka butuhkan untuk kepentingan penelitian tertentu. Jumlah pemasok antibodi poliklonal di seluruh dunia berjumlah setidaknya 180 perusahaan pada 2011, banyak di antaranya memiliki daftar lebih dari 20,000 antibodi berbeda yang tersedia untuk dijual dan dikirim, termasuk beberapa antibodi monoklonal juga.