Mutiara datang dalam berbagai warna dan corak, dari putih, krem, dan merah muda hingga hitam dengan nuansa biru, hijau, atau ungu. Banyak faktor yang bertanggung jawab atas warna mutiara, tetapi sebagian besar tergantung pada kebetulan. Tiram berbibir hitam biasanya tidak menghasilkan mutiara putih, dan sangat jarang tiram lain menghasilkan mutiara hitam. Selain itu, ada sedikit kepastian tentang warna mutiara yang bisa Anda dapatkan dari tiram atau daerah tertentu.
Bahan yang membentuk mutiara, yang dikenal sebagai nacre, disekresikan oleh tiram sebagai respons terhadap iritasi di dalam cangkang. Mutiara alami sangat langka dan mahal dan terdiri dari lapisan konsentris nacre di sekitar iritasi asli yang mungkin mikroskopis, seperti sepotong pasir. Mutiara budidaya dibuat dengan memasukkan inti cangkang, biasanya bulat sempurna, dan memungkinkan beberapa lapisan nacre terbentuk di sekitarnya.
Faktor-faktor yang berkontribusi pada warna mutiara termasuk jenis tiram, ketebalan dan jumlah lapisan nacre, dan kemungkinan elemen jejak di lingkungan perairan tiram. Produsen mutiara juga dapat mempengaruhi warna mutiara sampai tingkat tertentu dengan memasukkan jaringan dari tiram lain ke dalam tiram inang bersama dengan inti cangkang. Warna mutiara ditentukan oleh kombinasi faktor: warna dasar, nada tambahan, dan permainan warna. Mutiara budidaya juga terkadang diwarnai.
Semakin tebal nacre, semakin kaya warna mutiara, dan semakin banyak warna yang terlihat. Nacre tipis cenderung membuat mutiara yang tampak seperti susu dengan sedikit nada. Warna-warni mutiara adalah karena tumpang tindih lapisan nacre tembus.
Warna mutiara mungkin atau mungkin tidak mempengaruhi biaya, meskipun keseragaman warna membuat mutiara lebih berharga. Mutiara hitam dulunya cukup langka dan sangat berharga, tetapi sekarang dibudidayakan dan akibatnya jauh lebih banyak tersedia. Mutiara putih alami lebih langka dan lebih berharga daripada mutiara hitam budidaya. Warna terbaik sebagian besar merupakan masalah pilihan pribadi, atau apa pun yang paling menyanjung warna kulit seseorang, meskipun ada preferensi regional dan dapat memengaruhi harga.