Kekurangan gizi pada anak disebabkan oleh faktor eksternal dan internal. Anak-anak menjadi kurang gizi ketika mereka tidak menerima jumlah nutrisi yang tepat, seperti vitamin dan mineral, dalam makanan mereka. Dalam beberapa kasus, malnutrisi terjadi karena anak memiliki penyakit yang mencegah tubuhnya menyerap nutrisi yang diperlukan. Dalam kasus lain, anak-anak kekurangan gizi karena mereka tidak memiliki akses ke makanan yang cukup.
Kondisi yang dapat menyebabkan malnutrisi pada anak jika tidak ditangani dengan baik antara lain penyakit celiac dan intoleransi laktosa. Anak-anak dengan penyakit celiac tidak dapat mentolerir gluten, protein yang ditemukan dalam gandum dan biji-bijian tertentu lainnya. Dengan penyakit celiac, sistem kekebalan anak menyerang gluten, yang dapat menyebabkan kerusakan pada usus, mencegah nutrisi diserap.
Tanda-tanda bahwa seorang anak mungkin menderita kekurangan gizi yang disebabkan oleh penyakit celiac termasuk penurunan berat badan dan anemia. Anak mungkin juga tidak mendapatkan cukup kalsium, yang menyebabkan rakhitis, atau tulang yang melunak. Gejala penyakit celiac juga termasuk kembung dan diare.
Intoleransi laktosa adalah kondisi lain yang dapat menyebabkan kekurangan gizi pada anak-anak. Banyak anak membutuhkan susu untuk mendapatkan jumlah kalsium yang cukup dalam makanan mereka. Anak-anak yang tidak toleran laktosa tidak dapat mencerna susu dan produk susu lainnya dengan baik dan mungkin menghindarinya. Salah satu cara untuk menghindari kekurangan gizi pada anak akibat intoleransi laktosa adalah dengan mengonsumsi sumber kalsium lain, seperti sayuran berdaun hijau dan kacang-kacangan.
Kondisi medis lain yang dapat menyebabkan malnutrisi adalah cystic fibrosis. Ketika seorang anak menderita cystic fibrosis, sel-sel lendir menghasilkan lendir kental yang menyumbat saluran udara serta saluran yang menghubungkan usus dan pankreas. Hubungan antara pankreas diperlukan untuk mengangkut enzim yang membantu tubuh anak menyerap protein dan vitamin A, C, dan K. Ketika saluran tersumbat, dapat terjadi malnutrisi.
Beberapa bayi dan anak-anak dapat menjadi kurang gizi jika mereka menderita suatu kondisi yang membuat makan tidak menyenangkan. Bayi dengan penyakit refluks asam mungkin menolak untuk makan. Jika kondisinya tidak diobati, ia mungkin mengalami disfagia, yang membuat menelan terasa sakit atau dalam beberapa kasus tidak mungkin.
Kurangnya pola makan yang cukup adalah penyebab lain dari kekurangan gizi pada anak-anak. Seorang anak yang masih sangat kecil dapat mengalami kekurangan gizi jika dia tidak mendapatkan nutrisi yang tepat dari ibunya segera setelah lahir. Anak-anak di negara-negara di mana makanan langka atau di mana kemiskinan merajalela berada pada risiko yang lebih besar untuk kekurangan gizi daripada anak-anak yang tinggal di negara maju, di mana banyak makanan yang diperkaya dengan vitamin dan nutrisi tambahan.