Ada begitu banyak penyebab keracunan makanan yang berbeda sehingga ilmu kedokteran belum mengidentifikasi semuanya. Namun, sebagian besar kasus penyakit bawaan makanan disebabkan oleh bakteri atau virus. Bakteri berkembang dalam zat tidak hidup, sementara virus membutuhkan inang yang hidup untuk eksis. Penyebab keracunan makanan karena virus dan bakteri memiliki banyak metode kontaminasi yang berbeda.
Bakteri dapat tetap berada di permukaan buah dan sayuran. Jika produk tidak dicuci atau diproses dengan benar, bakteri dapat tertelan dan menyebabkan keracunan makanan. Buah-buahan dan sayuran kalengan dapat menjadi salah satu penyebab keracunan makanan yang paling serius jika produk tersebut tidak diproses dengan benar. Clostridium botulinum adalah bakteri yang menghasilkan racun yang dapat menyebabkan penyakit parah dan kematian. Kaleng atau tutup yang menggembung adalah tanda bahwa produk kalengan tidak benar; makan makanan ini dapat mengakibatkan kematian akibat keracunan botulisme.
Sebagian besar penyebab keracunan makanan tidak menghasilkan efek serius seperti itu. Gejala seperti flu dan masalah usus yang hilang dalam satu atau dua hari lebih sering terjadi. Gejala keracunan makanan terkadang bisa disalahartikan sebagai flu. Kram perut, mual, dan muntah adalah tanda-tanda umum.
Kasus virus keracunan makanan umumnya disebabkan oleh kontaminasi feses. Jika juru masak dan orang yang menyiapkan makanan tidak mencuci tangan dengan benar setelah menggunakan kamar mandi, kontaminasi dan keracunan makanan dapat terjadi. Jenis keracunan makanan ini dapat mempengaruhi seluruh institusi, seperti penitipan anak dan sekolah. Kotoran dalam kerang adalah penyebab keracunan makanan virus lainnya.
Makanan yang tidak dimasak sepenuhnya juga dapat menyebabkan penyakit bawaan makanan. Semua makanan harus dimasak dengan suhu yang tepat untuk menghindari keracunan makanan. Membiarkan makanan yang dimasak tidak didinginkan selama lebih dari dua jam adalah penyebab keracunan makanan lain yang dapat dengan mudah dihindari. Aturan dasar dalam keamanan pangan adalah bahwa makanan panas harus tetap panas dan makanan dingin harus tetap dingin.
Mempersiapkan daging mentah dengan benar untuk dimasak sangat penting untuk menghindari keracunan makanan. Daging mentah bisa mengandung bakteri penyebab keracunan makanan. Jika daging mentah dipotong di talenan sebelum makanan lain seperti sayuran juga disiapkan di sana, bakteri dapat dengan mudah mencemari sayuran. Talenan dan pisau terpisah harus digunakan untuk bahan makanan yang berbeda untuk menghindari kontaminasi bakteri.
Suhu memasak yang tepat dapat membunuh bakteri dan virus yang dapat menyebabkan keracunan makanan. Misalnya, daging babi mungkin mengandung virus cacing gelang Trichinella spiralis, yang menyebabkan penyakit yang ditularkan melalui makanan trichinosis. Jika daging babi dimasak dengan benar, kemungkinan tertular trikinosis sangat jarang.