Pohon cemara dapat menjadi korban sejumlah infeksi jamur dan invasi dari tanaman parasit atau hama serangga, dan penyakit cemara dapat mempengaruhi jarum, cabang, atau batang pohon, sementara yang lain mulai merusak dengan menyerang akar. Pohon dengan penyakit jarum suntik sering menunjukkan gejala dalam beberapa bulan setelah infeksi, tetapi penyakit akar dapat bertahan di pohon selama beberapa dekade, perlahan-lahan melemahkan seluruh pohon. Semprotan kimia topikal membasmi beberapa jenis penyakit cemara, tetapi yang lain akhirnya membutuhkan penebangan pohon. Arborist umumnya dapat mengidentifikasi berbagai jenis penyakit pohon cemara dan merekomendasikan tindakan.
Infestasi jamur adalah infeksi paling umum yang diamati pada berbagai jenis pohon cemara. Jarum berubah dari kuning menjadi coklat, dan, setelah diperiksa lebih dekat dengan kaca pembesar, bintik-bintik hitam kecil menjadi terlihat. Rizosphaera kalkhoffii misalnya, menghasilkan kondisi yang dikenal sebagai needle cast, karena jarum yang terkena mati dan jatuh dari pohon. Dalam tiga sampai empat tahun, cabang yang terkena benar-benar mandul. Kanker Cryptospora menyerang cabang dan bergerak ke arah batang, menghasilkan perubahan warna putih dan resin yang mengalir ke bawah pohon.
Infeksi jamur yang disebabkan oleh Inonotus tomentosus atau Armillaria biasanya menyerang pohon cemara pada akarnya. Kayu yang terinfeksi tampak berubah warna dan mengembangkan kantong busuk. Penyakit cemara ini biasanya menghasilkan jamur di pangkal pohon. Penyerbu oportunistik menghancurkan pohon secara perlahan, bertahan selama 20 atau 30 tahun, dengan menghabiskan sejumlah nutrisi dan air. Penyakit akar cemara juga mengurangi kekuatan dan stabilitas pohon, yang dapat menyebabkan bahkan pohon cemara terbesar tumbang selama angin kencang atau badai musiman.
Menjaga kesehatan pohon dengan merawat pohon cemara dengan benar dapat mencegah kerusakan parah. Arborist menyarankan penyiraman hanya di permukaan tanah, karena dedaunan lebat pohon cemara cenderung menahan kelembapan. Saat mengekspos jarum dan cabang ke air tidak bisa dihindari, air di pagi hari, memungkinkan waktu untuk pengeringan sebelum malam tiba. Spesialis juga menyarankan untuk menambahkan mulsa 3 hingga 4 inci (7.5 hingga 10 cm) di sekitar bagian bawah pohon untuk retensi kelembaban dan sebagai penghalang terhadap kemungkinan cedera dari mesin pemotong rumput. Burung, serangga, hujan, dan angin sering membawa spora dari satu lokasi ke lokasi lain, membuat pencegahan paparan sangat tidak mungkin.
Benih lengket dari tanaman parasit, mistletoe kerdil cemara timur, juga berpindah dari inang ke inang melalui berbagai cara. Setelah kontak dengan cabang pohon, benih bertunas, mengirim sistem akar ke dalam kulit kayu dan merampas area makanan dan air yang terkena. Cabang itu akhirnya mengembangkan tunas yang terlihat, yang disebut sebagai sapu penyihir, yang tingginya rata-rata kurang dari satu inci, dan berwarna oranye hingga coklat. Kecambah yang berbunga memiliki kemampuan untuk menyebarkan benih sejauh puluhan kaki (1 kaki = 30 cm) dari pohon asalnya. Sementara pemilik rumah dapat memangkas kecambah, kutu tetap terkubur jauh di dalam cabang, yang pada akhirnya membutuhkan pemindahan pohon sepenuhnya.
Penyakit cemara juga dapat terjadi sebagai akibat dari keberadaan larva serangga. Berbagai jenis ngengat, tungau laba-laba, dan tawon bertelur di pohon cemara yang sedang tumbuh. Infestasi serangga yang lebih besar mungkin muncul sebagai kepompong atau sarang berselaput yang menempel pada jarum dan cabang. Saat menetas, larva memakan tunas atau jarum pohon. Berbagai pestisida cair biasanya menghilangkan infestasi, menyelamatkan pohon dari kerusakan lebih lanjut.