Transaksi e-niaga dapat ditangani dengan beberapa cara berbeda. Beberapa opsi identik dengan yang digunakan oleh toko ritel biasa, dan beberapa unik untuk pembelian online. Bagaimana pengecer online memilih untuk menangani transaksi sepenuhnya atas kebijaksanaannya sendiri, meskipun kebutuhan dan preferensi pelanggan biasanya memainkan peran utama dalam opsi transaksi apa yang ditawarkan. Opsi transaksi e-niaga yang populer termasuk kartu kredit, kartu debit, cek elektronik, kartu hadiah, layanan pembayaran online, dan paket pembayaran yang ditangguhkan. Beberapa perusahaan online masih menerima cek pribadi dan cek kasir, tetapi opsi ini semakin berkurang karena menghabiskan waktu dan uang pengecer untuk memprosesnya, dan mereka memiliki lebih banyak peluang gagal daripada opsi pembayaran lainnya.
Kurangnya orang yang sebenarnya terlibat dalam transaksi e-niaga membuat banyak orang khawatir tentang bentuk perdagangan ini. Pada hari-hari awal e-niaga, cerita horor berlimpah tentang nomor kartu kredit yang dicuri, pencurian identitas, dan pencurian langsung oleh pengecer online yang tidak bermoral, dan seringkali benar-benar curang. Karena penjualan online masih sangat baru, pilihan keamanan terbatas dan kepercayaan buta seringkali menjadi satu-satunya pilihan yang ditawarkan kepada konsumen yang ingin membeli dari situs web.
Komunitas bisnis online saat ini menawarkan transaksi e-niaga dengan segudang fitur keamanan bawaan. Nomor kartu bank dienkripsi untuk mencegah pencurian, dan informasi pribadi disimpan dengan aman melalui teknik serupa. Sejumlah besar perusahaan memberikan keamanan pihak ketiga ke situs web ritel dan menjamin penggantian kepada pengecer dan konsumen jika sistem mereka gagal.
Selain menerima kartu kredit dan debit utama, banyak situs perdagangan Internet menyediakan opsi transaksi lain untuk pelanggan mereka. Cek elektronik populer di beberapa situs bisnis e-niaga, meskipun biaya pemrosesan tambahan bagi pedagang di atas biaya yang harus dia bayar untuk memproses penjualan kartu kredit dan debit. Untuk membayar dengan cek elektronik, cek fisik dibuat oleh penjual menggunakan informasi bank yang diberikan oleh pembeli, dan cek tersebut disimpan ke rekening bank penjual seperti cek konter biasa.
Pembayaran tertunda adalah pilihan lain yang disukai oleh beberapa konsumen. Opsi ini memungkinkan pembeli untuk menerima layanan atau produk sebelum membayarnya dengan memberikan informasi rekening bank atau nomor rekening kartu kredit atau debit kepada penjual untuk ditagih di kemudian hari, jika persyaratannya mengatur pembayaran berganda. Metode ini biasanya melibatkan biaya layanan yang dibayarkan kepada penjual pada awal transaksi.
Beberapa situs e-niaga menjual kartu hadiah atau sertifikat hadiah atau menawarkan kode kupon diskon kepada konsumen. Pengecer online ini menerima metode pembayaran ini untuk transaksi e-niaga. Metode pembayaran ini diproses seperti pembayaran yang dilakukan dengan kartu kredit atau debit.