Masalah tanaman tomat yang paling umum adalah penyakit, serangga dan masalah lingkungan. Menanam tomat dari bibit tomat menjadi tanaman tomat yang sehat memerlukan pemahaman tentang masalah apa yang dapat mempengaruhi kebun sayur dan bagaimana menghindari hama tomat.
Penyakit adalah masalah tanaman tomat yang paling membuat frustrasi karena seringkali tidak ada pengobatan. Budidaya tomat yang sukses akan mencakup pengamatan tanaman dari biji tomat hingga panen. Jamur yang ditularkan melalui tanah seperti Fusarium dan verticillium merusak batang dan menyebabkan batang berubah warna. Ketika batang menjadi rusak, nutrisi tidak terbawa ke bagian atas tanaman, yang menyebabkan tanaman layu dan mati. Tidak ada pengobatan, jadi penting untuk membeli varietas tahan.
Jenis penyakit lain yang dapat menyebabkan masalah tanaman tomat adalah virus layu bintik tomat dan virus mosaik tembakau. Virus layu bintik tomat disebarkan oleh thrip, dan menyebabkan kanker berkembang pada tomat dan daun serta batang mati kembali. Karena tidak ada obatnya, tanaman yang terinfeksi harus dikeluarkan dari kebun dan dibuang. Virus mosaik tembakau biasanya disebarkan oleh tukang kebun yang merokok atau telah melakukan kontak dengan tembakau. Untuk mencegahnya, tukang kebun harus mencuci tangan sebelum memegang tanaman apa pun.
Serangga juga berkontribusi terhadap masalah tanaman tomat baik melalui membawa penyakit atau memakan tanaman. Cacing tanduk adalah jenis ulat yang memakan dedaunan. Mereka biasanya tiga sampai empat inci panjang dan mudah terlihat. Cukup mengeluarkannya dari tanaman yang terinfeksi seringkali sudah cukup. Jenis serangga lain yang memakan daun adalah kumbang kutu. Cara terbaik untuk membersihkan tanaman Anda dari serangga ini adalah dengan menyeka daun dengan air sabun.
Serangga penghisap jus seperti kutu daun dan psyllids juga menyebabkan masalah tanaman tomat. Keduanya terdapat pada bagian bawah daun sehingga menyebabkan tanaman menjadi kerdil. Jika serangannya parah, tomat tidak akan terbentuk. Untuk membersihkan tanaman yang terinfeksi kutu daun atau psyllids, sabun insektisida dapat digunakan.
Masalah lingkungan merupakan masalah tanaman tomat yang paling umum dan juga yang paling mudah dikendalikan. Busuk ujung bunga, yang menyebabkan bagian bawah tomat yang matang menjadi hitam, mengerut, dan membusuk, disebabkan oleh kekurangan kalsium selama perkembangan. Menjaga tanaman tomat disiram secara berkala dan tidak membiarkan musim kering yang berkepanjangan biasanya mencegah pembusukan ujung bunga.
Retakan pertumbuhan adalah masalah lingkungan lain yang dapat dengan mudah dikendalikan. Retakan pertumbuhan dapat membentuk pola melingkar di bagian atas tomat atau membentuk retakan dalam yang membentang vertikal dari batang ke pangkal. Keduanya disebabkan oleh awal penyiraman yang berlebihan atau hujan lebat yang diikuti oleh kurangnya penyiraman yang mengakibatkan pertumbuhan tanaman terhambat. Untuk mencegahnya, tanaman harus disiram secara teratur dan tidak boleh terlalu banyak disiram.