Masa inkubasi herpes mengacu pada waktu yang berlalu antara saat orang terkena atau terpapar penyakit dan saat menyebabkan gejala. Ini dapat bervariasi tergantung pada individu. Telah dicatat bahwa beberapa orang mengalami gejala utama dalam satu atau dua hari setelah terpapar, tetapi, di ujung lain spektrum, terkadang kondisi tersebut tidak muncul hingga satu bulan. Dalam kasus rata-rata, mereka yang terpapar virus herpes simpleks I atau II, yang menyebabkan luka dingin atau infeksi genital, kemungkinan besar menunjukkan gejala infeksi dalam waktu dua minggu setelah tertular. Anekdot medis kadang-kadang menyarankan, baik infeksi primer tidak diperhatikan atau beberapa orang mungkin memiliki periode dormansi yang lebih lama dan mungkin tidak menunjukkan penyakit sampai bertahun-tahun setelah kontraksi, tetapi ini sangat jarang.
Saat infeksi herpes menumpuk di tubuh untuk pertama kalinya, umumnya akan muncul sebagai infeksi primer, yang cenderung lebih parah daripada infeksi berikutnya. Gejala awal seringkali tidak melibatkan segala bentuk ruam atau sakit dingin. Wanita dengan herpes genital mungkin merasakan rasa terbakar atau kesulitan buang air kecil. Orang mungkin merasa lemas dan pegal, demam ringan bisa terjadi, dan kelenjar sering bengkak. Gejala-gejala ini diikuti dengan perkembangan satu atau lebih lesi, biasanya satu sampai enam hari kemudian. Beberapa orang juga merasakan kesemutan atau nyeri di mana lesi akhirnya terjadi.
Bagi kebanyakan orang, infeksi herpes berikutnya tidak separah itu, meskipun tetap tidak nyaman. Orang sehat dengan infeksi ini hidup dengan siklus virus yang bervariasi, dari periode dorman ke periode aktif. Pada periode aktif, masa inkubasi herpes disebut sebagai waktu antara gejala prodromal dan perkembangan lesi. Kebanyakan orang akan memiliki beberapa gejala yang menandakan aktivasi penyakit seperti kesemutan atau nyeri atau keluarnya cairan dari alat kelamin dan, bagi wanita, rasa sakit atau terbakar saat buang air kecil sering terjadi.
Masa inkubasi spesifik herpes yang bukan primer, atau waktu antara gejala prodromal dan munculnya lesi juga bervariasi. Biasanya waktu rata-rata berkisar dari beberapa hari hingga sekitar satu minggu. Ketika orang-orang mengetahui seperti apa rasanya infeksi ini, dengan kesadaran mereka sering kali dapat menjadi terampil dalam menentukan kapan infeksi akan terjadi. Virus menyebar selama periode prodromal, dan mengenali tanda-tandanya membantu orang mengambil tindakan pencegahan untuk melindungi orang lain dari infeksi.
Masa inkubasi herpes yang berkaitan dengan siklus virus tidak selalu dapat diprediksi dan sulit untuk memprediksi seberapa sering virus akan aktif kembali. Seringkali ada harapan rata-rata empat infeksi pada tahun pertama setelah tertular herpes, tetapi waktu spesifik antara infeksi dapat bervariasi. Selain itu, banyak orang mencatat penurunan jumlah infeksi per tahun semakin lama mereka memiliki virus, tetapi ini dapat berubah jika mereka jatuh ke dalam kesehatan yang buruk atau mengalami stres yang ekstrim.