Manfaat madu manuka umumnya berkaitan dengan kesehatan, dan madu sering digunakan karena sifat antibakterinya baik secara internal maupun eksternal. Madu manuka mungkin berguna untuk meningkatkan kecepatan penyembuhan luka serta menjaganya agar tidak terinfeksi. Madu juga kadang-kadang digunakan pada luka bakar untuk membantu mereka sembuh lebih cepat dan mengurangi keparahan jaringan parut. Manfaat madu manuka bila diminum secara internal antara lain membantu melancarkan pencernaan serta membantu meringankan sakit tenggorokan dan berbagai jenis infeksi dalam. Meskipun sebagian besar ahli setuju bahwa madu manuka mungkin berguna untuk mengobati semua jenis penyakit, penelitian lebih lanjut mungkin perlu dilakukan sebelum madu direkomendasikan secara luas sebagai alternatif untuk jenis perawatan yang lebih konvensional.
Seseorang dengan segala jenis luka atau luka dapat mengambil manfaat dari mengoleskan madu manuka di daerah yang terkena. Madu dapat bertindak tidak hanya sebagai penghalang untuk mencegah infeksi, tetapi juga dapat membunuh bakteri yang sudah ada di dalam luka karena sifat antibakteri alaminya. Orang sering menggunakan madu manuka pada luka bakar karena dapat mempercepat penyembuhan dan mencegah infeksi. Ketika luka dirawat dengan madu manuka sebelum perban atau pembalut lain dioleskan, mungkin akan lebih mudah untuk melepas pembalut luka tanpa rasa sakit karena madu dapat mencegah lengketnya perban menempel pada kulit.
Orang yang menderita masalah pencernaan mungkin bisa memetik manfaat madu manuka yang berkaitan dengan pencernaan. Penyakit perut yang menyebabkan muntah, diare, dan sakit perut dapat dikurangi dengan madu manuka, terutama jika penyakit tersebut disebabkan oleh infeksi bakteri dan bukan virus. Orang yang menderita sindrom iritasi usus besar, atau IBS, mungkin juga mendapat manfaat dari makan sedikit madu manuka setiap hari. Sudah diketahui secara luas bahwa madu secara umum bermanfaat untuk sakit tenggorokan, tetapi madu manuka mungkin sangat membantu untuk masalah sakit tenggorokan karena dapat membantu membunuh bakteri yang mungkin menyebabkan sakit tenggorokan.
Terlepas dari banyak kemungkinan manfaat madu manuka, ada beberapa efek samping yang terkait dengan penggunaannya. Beberapa orang mengalami iritasi kulit ringan saat menggunakan madu manuka pada luka. Hal ini kemungkinan disebabkan oleh tingginya kadar asam dalam madu, yang juga dapat menyebabkan rasa terbakar atau perih saat dioleskan. Ada sedikit risiko botulisme dari semua jenis madu, terutama madu mentah, dan madu manuka tidak terkecuali dalam aturan ini. Risiko botulisme jauh lebih tinggi untuk anak-anak di bawah usia satu tahun karena sistem pencernaan mereka yang belum berkembang, dan untuk alasan ini dokter umumnya memperingatkan orang tua untuk tidak memberikan jenis madu apa pun kepada anak-anak di bawah satu tahun.