Biasanya ada enam langkah dalam audit operasional yang berkisar dari pekerjaan persiapan melakukan wawancara dan mengumpulkan dokumen hingga penyajian laporan tertulis akhir. Audit harus disesuaikan untuk memenuhi kebutuhan spesifik perusahaan, sehingga langkah-langkah standar hanya dapat berfungsi sebagai pedoman. Manajemen dan auditor internal dan eksternalnya akan menyesuaikan proses untuk mencapai tujuan dan sasaran khusus perusahaan.
Audit operasional adalah review dari proses internal perusahaan. Tujuannya adalah untuk menentukan apakah sumber daya perusahaan digunakan secara efisien dan untuk mengidentifikasi cara untuk meningkatkan sistem. Tinjauan tersebut mencakup berbagai tugas, seperti kontrol keuangan, kondisi peralatan, dan alokasi sumber daya manusia. Perusahaan yang lebih besar biasanya memiliki departemen audit internal yang akan menangani audit operasional. Beberapa perusahaan akan mendatangkan konsultan luar yang berspesialisasi dalam tinjauan operasional untuk melakukan audit atau bekerja sama dengan staf internal.
Langkah pertama dalam audit operasional adalah menyusun tinjauan yang akan datang. Ini bisa memerlukan mengadakan pertemuan untuk menguraikan harapan dan untuk menjawab pertanyaan tentang prosesnya. Auditor eksternal akan menggunakan langkah ini untuk mengumpulkan informasi terkait tentang perusahaan dan menetapkan tujuan dan sasaran audit. Langkah pengantar ini menetapkan ruang lingkup tinjauan.
Langkah dua dan tiga audit adalah survei manajemen dan karyawan. Manajer biasanya diwawancarai untuk rincian mengenai sistem dan prosedur perusahaan. Karyawan diwawancarai dan diamati di lingkungan kerja mereka. Observasi dapat mengarah pada wawasan penting tentang kekurangan operasional yang tidak akan terlihat melalui wawancara.
Penyajian rencana audit biasanya merupakan langkah keempat dalam audit operasional. Rencana audit adalah agenda tertulis yang merinci langkah-langkah yang harus diikuti perusahaan untuk menyelesaikan audit. Ini disesuaikan dan berdasarkan informasi yang dikumpulkan auditor pada langkah sebelumnya.
Langkah kelima adalah audit yang sebenarnya. Auditor mengimplementasikan rencana audit, yang biasanya mencakup tinjauan atas produktivitas dan upaya penjualan perusahaan. Di sisi keuangan, ia menilai proses penagihan, pengelolaan arus kas, dan pelaporan. Prosedur manajemen risiko perusahaan juga biasanya disertakan dalam audit. Audit operasional dapat mencakup area ini dan area lain yang menurut manajemen memerlukan penilaian pihak ketiga.
Pada langkah keenam, auditor menghasilkan laporan tertulis akhir. Ini merinci kesimpulan dan rekomendasinya. Laporan ini bisa mencapai ratusan halaman, tergantung pada ukuran perusahaan dan jumlah area operasional yang diaudit.