Klasifikasi bakteri adalah proses membedakan jenis bakteri satu sama lain dan mengelompokkannya menurut karakteristik bersama. Klasifikasi tersebut dilakukan dalam kerangka sistem taksonomi biologis yang diterima secara internasional, atau ilmu klasifikasi organisme. Sejumlah hal diperhitungkan selama klasifikasi bakteri, terutama urutan RNA, tetapi termasuk bentuk, biokimia, dan karakteristik membran eksternal, antara lain.
Meskipun ada perbedaan pandangan tentang cara organisme harus diklasifikasikan, sistem yang berlaku saat ini membagi semua kehidupan menjadi tiga domain. Bakteri membentuk salah satu domain ini. Mereka menunjukkan tingkat keanekaragaman yang ekstrem dan, berdasarkan jumlah, merupakan mayoritas besar spesies yang diketahui dan, berdasarkan massa, melebihi jumlah semua organisme multiseluler di bumi. Klasifikasi bakteri dapat menjadi sulit karena sejumlah faktor, terutama tidak adanya struktur kompleks yang ditemukan pada organisme yang lebih maju, serta kecenderungan bakteri untuk mentransfer segmen DNA.
Ahli bakteriologi menggunakan sejumlah teknik dalam klasifikasi bakteri. Bentuk adalah cara paling sederhana untuk membedakan bakteri, dan organisme ini dapat menunjukkan berbagai bentuk termasuk batang, spiral, dan bola, antara lain. Namun, bentuk tidak selalu merupakan karakteristik eksklusif, dan bakteri yang dikelompokkan dalam klasifikasi yang sangat berbeda dapat memiliki bentuk yang serupa.
Fitur morfologi lainnya, seperti ukuran, dapat bervariasi secara signifikan dari spesies ke spesies, dan pengelompokan tipikal juga dapat membantu dalam klasifikasi. Banyak spesies cenderung membentuk kelompok sel individu, yang jumlahnya dapat sangat bervariasi. Kehadiran struktur eksternal, seperti konstruksi kecil seperti tentakel yang disebut flagela, juga dapat membantu membedakan spesies bakteri.
Alat kunci lain dalam klasifikasi bakteri adalah tes yang dikenal sebagai tes pewarnaan gram, dinamai ahli mikrobiologi abad ke-19. Tes ini mengukur bakteri menurut ketebalan membran luarnya. Bakteri gram negatif memiliki membran yang sangat tipis dan bakteri gram positif memiliki membran yang lebih tebal.
Faktor-faktor seperti metabolisme dan perbedaan biokimia lainnya adalah alat lain untuk klasifikasi bakteri. Bakteri memetabolisme berbagai macam senyawa yang berbeda, dan senyawa atau senyawa tertentu yang digunakan atau diubah oleh bakteri tertentu dapat membantu dalam identifikasi dan klasifikasinya. Analisis data biokimia lainnya juga dapat membantu proses ini.
Kemajuan dalam teknik analisis molekuler telah memungkinkan ahli bakteriologi untuk membedakan bakteri menurut perbedaan RNA, serta urutan gen tertentu. Analisis lebih lanjut dari jumlah total protein RNA dan DNA individu dan rasio di mana mereka hadir memberikan cara lain untuk klasifikasi. Dengan menggunakan beberapa atau semua teknik dan karakteristik yang dapat diamati ini, ahli bakteriologi dapat mengklasifikasikan bakteri menurut spesies dan mengelompokkan spesies yang serupa.