Ada kelebihan dan kekurangan rekam medis elektronik, meskipun banyak yang berpendapat bahwa aspek positif lebih banyak daripada negatifnya. Meskipun investasi dalam sistem jenis ini pada awalnya mahal, sebagian besar berpendapat bahwa seiring waktu, biaya ini akan menghasilkan penghematan yang lebih besar baik bagi profesional medis maupun perusahaan asuransi kesehatan. Ini juga membutuhkan banyak waktu untuk mengubah catatan kertas menjadi catatan elektronik, tetapi catatan itu jauh lebih mudah untuk dilacak dan dicari setelah ini selesai. Namun, setiap orang yang menggunakan catatan ini harus menggunakan sistem yang kompatibel, atau tidak ada informasi yang dapat dibagikan.
Menyimpan catatan medis dalam bentuk elektronik dapat menghemat banyak ruang. Alih-alih menyimpan file kertas besar pada pasien, semua catatan digital dan disimpan di hard drive dan/atau di pusat data eksternal. Ini mewakili persentase kecil dari ruang yang dibutuhkan untuk menyimpan catatan fisik. Selain itu, meskipun mereka tidak membuat kantor sepenuhnya bebas kertas, catatan elektronik mengurangi jumlah kertas yang dibutuhkan oleh kantor medis, rumah sakit, dan perusahaan asuransi.
Keuntungan lain dari rekam medis elektronik adalah kemampuan semua anggota tim perawatan kesehatan untuk mengoordinasikan perawatan pasien. Ini membantu menghindari tes ulang yang tidak perlu, mencegah resep obat yang mungkin berinteraksi buruk, dan memungkinkan siapa pun di tim medis memahami pendekatan yang diambil untuk mengobati suatu kondisi. Seseorang dengan masalah kesehatan yang kompleks mungkin menemui beberapa spesialis, dan dapat dengan mudah menjadi bingung dengan saran yang tumpang tindih atau berlawanan. Ketika spesialis dan dokter perawatan primer menggunakan sistem yang sama, maka setiap orang dalam tim harus menyadari tindakan dan rekomendasi semua anggota tim lainnya.
Catatan elektronik juga dapat menghemat waktu. Meskipun catatan di masa lalu dapat dikirim melalui faks atau email, dalam banyak kasus, umumnya ada waktu tunggu. Ketika seorang profesional medis memiliki akses cepat ke semua informasi pasien, termasuk hal-hal seperti sinar-X, tes laboratorium, dan informasi tentang resep atau alergi, dia diberdayakan untuk bertindak segera. Ini mungkin sangat membantu dalam situasi darurat di mana pasien tidak dapat menjawab pertanyaan tentang riwayat kesehatannya karena penyakit atau cedera yang parah.
Banyak profesional kesehatan memiliki tulisan tangan yang mungkin sulit dibaca, dan meskipun ini adalah generalisasi, tulisan yang tidak jelas dapat menyebabkan kesalahan. Informasi yang diketik cenderung tidak menimbulkan kebingungan. Namun, rekam medis elektronik tidak mengesampingkan kesalahan ketik yang sesekali terjadi, yang juga dapat memiliki konsekuensi serius. Tentu saja, seseorang juga harus memasukkan semua informasi lama pasien ke dalam sistem, yang dapat memakan banyak waktu dan dapat menambah lebih banyak kesalahan pada catatan. Seorang dokter mungkin juga perlu mengambil waktu tambahan dari jadwal sibuknya untuk meninjau data ini.
Faktanya, satu kekhawatiran tentang penggunaan rekam medis elektronik adalah bahwa profesional medis mungkin memiliki kurva belajar yang signifikan ketika program ini pertama kali digunakan. Seorang juru ketik yang buruk mungkin membutuhkan waktu lama untuk memasukkan informasi baru. Dokter sering kali harus menjadi juru tulis medis mereka sendiri terutama selama kunjungan kantor, dan orang yang terganggu oleh teknologi yang membingungkan mungkin tidak begitu waspada terhadap gejala atau kebutuhan pasien.
Tidak ada sumber atau sistem tunggal untuk rekam medis elektronik di sebagian besar tempat, sehingga rumah sakit dan dokter individu yang berbeda tidak semuanya menggunakan program yang sama. Ini menghapus manfaat informasi instan untuk semua orang di tim medis, karena satu program mungkin tidak cocok dengan yang lain.
Beberapa pasien mengungkapkan kekhawatiran bahwa catatan digital mungkin diretas dan dieksploitasi oleh orang lain. Karena salah satu pertimbangan pertama dari perawatan medis adalah kerahasiaan, mungkin tetap menyangkut berapa banyak orang yang mungkin memiliki akses ke semua catatan medis seseorang. Penyalahgunaan informasi medis pribadi dapat menimbulkan masalah bagi mereka yang memiliki kondisi yang ingin mereka rahasiakan.
Terlepas dari kekhawatiran ini, banyak profesional medis dan rumah sakit sekarang mencoba mengubah catatan mereka ke bentuk elektronik. Masih belum jelas berapa lama waktu yang dibutuhkan untuk memperbarui file lama dengan riwayat medis yang panjang. Juga tidak jelas kapan atau apakah mungkin bagi sistem yang berbeda untuk berkomunikasi satu sama lain.