Pulau-pulau terbesar di Jepang adalah Honshu, Shikoku, Hokkaido, dan Kyūsh, yang bersama-sama mencakup 97% dari luas daratan Jepang. Secara keseluruhan, Jepang memiliki lebih dari 3,000 pulau. Pulau-pulau di Jepang telah diduduki untuk waktu yang sangat lama, setidaknya sejak 35,000 SM. Selama Zaman Es terakhir, Jepang akan relatif nyaman, terhindar dari gletser besar yang menutupi sebagian besar Eropa dan Asia pada saat itu. Saat ini, pulau-pulau di Jepang memiliki sekitar 127 juta penduduk, menjadikan negara ini sebagai negara terpadat ke-10 di dunia. Jepang memiliki ekonomi terbesar ketiga di dunia, hanya di belakang Amerika Serikat dan Cina.
Honshu, pulau terbesar di negara itu, menyumbang 61% dari daratan dan terletak di pusat Jepang, antara pulau Hokkaido di utara dan pulau Kyūsh dan Shikoku di selatan. Lebih besar dari pulau Britania Raya, Honshu panjangnya 1,300 km (800 mil) dan lebarnya berkisar antara 50 hingga 230 km (31 hingga 143 mil). Honshu adalah pulau pegunungan dan vulkanik dengan populasi hampir 100 juta, menjadikannya salah satu pulau terpadat di dunia. Sebagian besar populasi di pulau ini ditemukan di dataran rendah yang tersedia, khususnya wilayah dataran Kant. Banyak kota paling terkenal di Jepang berada di pulau itu, termasuk Tokyo, Yokohama, Osaka, Kyoto, Kobe, dan Hiroshima.
Dua pulau utama Jepang di selatan Honshu adalah Kyūsh dan Shikoku, yang masing-masing membentuk 9% dan 5% dari total luas daratan Jepang. Kyūsh, yang terletak di barat, berpenduduk 13 juta jiwa, sedangkan Shikoku berpenduduk 4 juta jiwa, menjadikannya pulau terpadat di Jepang. Seperti Honshu, kedua pulau ini sangat bergunung-gunung. Kyūsh dikenal memiliki gunung berapi paling aktif di Jepang, Gunung Aso (dengan ketinggian 1,592 m atau 5,223 kaki), sedangkan Shikoku dikenal dengan kuil-kuilnya yang indah. Kota terpenting di Kyūsh adalah Nagasaki dan Kagoshima. Kota terbesar di Shikoku adalah Matsuyama, dengan populasi setengah juta.
Pulau terakhir dari pulau-pulau utama Jepang adalah Hokkaido, yang merupakan 22% dari luas daratan Jepang. Hokkaido adalah pulau terbesar kedua di Jepang dan di antara yang paling pedesaan, dengan populasi hanya 68 orang per kilometer persegi, berbeda dengan kepadatan penduduk Honshu yang 430 orang per kilometer persegi. Lingkungan alam Hokkaido menjadikannya tujuan liburan yang populer di kalangan orang Jepang. Ibukota Hokkaidō adalah Sapporo, diakui di seluruh dunia sebagai rumah bir Sapporo dan kota tuan rumah Olimpiade Musim Dingin 1972. Seperti setiap pulau lain di Jepang, sebagian besar pulau ini bergunung-gunung, dan sebagian besar penduduknya dapat ditemukan di daerah dataran rendah barat daya.