Virus boot sector adalah virus yang menempatkan kode dan perintahnya sendiri ke dalam boot sector DOS komputer atau Master Boot Record (MBR). Ketika jenis virus ini telah menginfeksi sistem, MBR biasanya rusak dan urutan boot komputer berubah. Virus boot sector bisa berbahaya dan produktif karena dimuat ke komputer setiap kali komputer dinyalakan, dan seiring waktu, virus tersebut dapat menyebar ke disk lain yang dapat dibaca. Masalah boot dan masalah start up, masalah dengan pengambilan data, ketidakstabilan kinerja komputer dan ketidakmampuan untuk menemukan hard drive adalah semua masalah yang mungkin timbul karena infeksi.
Salah satu cara utama virus jenis ini secara historis menginfeksi komputer adalah melalui floppy disk. Karena kemajuan teknologi, disk ini tidak harus menjadi disk bootable kuno untuk merusak sistem; mereka dapat berupa disk rata-rata yang tertinggal di drive saat komputer dinyalakan. Virus juga dapat berkembang di jaringan bersama di mana file dipertukarkan dan lampiran email didistribusikan.
Untungnya, penghapusan virus boot sector mudah dilakukan, dan sebagian besar perangkat lunak antivirus dapat menghapus virus dengan cepat dan efisien. Penting bagi pengguna komputer untuk memastikan bahwa perangkat lunak antivirus telah menghapus virus sepenuhnya. Gagal melakukannya dapat mengakibatkan penghapusan sebagian, yang kemudian dapat menyebabkan bagian lain dari hard drive terpengaruh. Berinvestasi dalam perangkat lunak antivirus juga dapat membantu melindungi data dan file selama proses penghapusan.
Pencegahan infeksi juga sederhana. Pengguna harus menghindari berbagi disket dan mengunduh perangkat lunak dari sumber yang tidak dikenal, karena virus dapat ditularkan melalui kedua cara ini. Menghapus disk dari drive sebelum memulai komputer juga dapat menyelamatkan pengguna dari infeksi karena virus dapat berada di floppy disk. Menginstal perangkat lunak antivirus langsung yang secara aktif menilai ancaman terhadap mesin juga dapat membantu dalam mencegah serangan.
Semua pengguna harus siap untuk serangan virus apapun. Secara umum, merupakan ide bagus untuk mencadangkan file secara teratur. Menjaga agar disk sistem tetap terkunci sehingga virus tidak dapat menulisnya dapat melindungi disk dari gangguan yang tidak diinginkan. Memeriksa semua aplikasi yang diunduh dari virus sebelum instalasi dan mengunci floppy disk sebelum menggunakannya di komputer pihak ketiga juga dapat menjaga komputer pribadi pengguna bebas virus.